机制与体制的束缚，是阻碍珠三角一体化的最大障碍。
随便举个例子：惠州打算在大亚湾搞大石化工程，石化当然会影响环保，而环保一体化正好是珠三角一体化仅次于交通一体化的第2号命题。
惠州搞石化，首先反对的就是深圳，你惠州想毁容没有关系，可东南季风一吹，你的苯类和芳烃类会横扫鹏城，而更具毒性的H2S、NH3更是侵袭呼吸系统，那我们深圳人民肯定是不答应，人民倒也罢了，那深圳的公务员怎么办？
可惠州会理你吗？靠，你深圳的污染又少了？深圳河臭不可闻，现在装起逼来说我们惠州是非，你以为你真的产业升级了，以为你们全是华为与中兴？你看一下关外都是些什么企业，与我们惠州的石化工业半斤八两的，收起你的食指来，东莞生产多么多废气怎么没看你放半个P，你以为我惠州好欺负！再唧唧歪歪的我就向你竖起中指。
惠州的这种态度是可以理解的，这么多年，惠州一直在深圳的阴影下匍匐前行，好不容易才整出几个大项目——听说能再造一个惠州，真搞好了惠州还能在珠三角牛逼牛逼，否则惠州永远只是一个边缘小弟，在这个“钱本位”的时代，没有钱可是处处遭人白眼，不准搞大石化，那惠州的领导以后怎么办？
所以别说你深圳，就是香港我也懒得理，告诉你，就是讲到中央搬出国际法来我也照建不误。空气这东西，看不到摸不着，算个P啊！没有大石化，惠州的GDP怎么办？
再举个例子：2002年提出珠江的治理的时候，是说一年初见成效，三年不黑不臭，八年江水变清。而现在看来，不仅没有变得更好，而是变得更黑。
面难题有民间思考者提出让“珠江委”多一项治理环境的职能，因为治理干流是长期的过程，是一个区域性、流域性的任务，需要区域联动，“珠江委”不正是这样的部门吗？他们一插手管理不就“河水清清柳叶清”。
可这有用吗？各级机构都有自己的终极目标，为官一方不过是弹指之事，异地升迁之后都是过眼云烟，谁知道明天会在哪里。不包庇企业，不说假话已经天地良心，不可能与“纯洁善良”的网友所想像的那样，配合环保机构净化珠江的。
这是总的制度设计的问题，是大家都避不开的“机制体制”问题，解决的根本办法就是改变政府绩效考核办法，让“绿色GDP”机制能够运行起来。
当然，要对落伍的“机制体制”动手谈何容易，整个民族在都在思考，它积舸太深，动一发而至全身，不可能一蹴而就。但也不能毫无作为，《珠三角的规划纲要》作为一个长远的国家战略，被称作推进改革的“尚方宝剑“，必须在某些方面作出尝试，例如在珠三角九城的政绩考核中，就要加入“一体化”这些考核项目，其中量化指标就可以包括环境指数。
谈到珠三角一体化首先应该是行政一体化，是机制体制必须做出相应调整，只有这样珠三角一体化才能事半功倍。