上证综指主要存在两方面问题。一是新股计入时以发行价计算，发行价与上市价间差距很大，造成指数的大幅虚增。二是按照总股本加权的方法，中行、工行占整个市场总股本的36%，但是其流通股只占整个市场的2.7%，杠杆效应极大。由此引发极高的杠杆率。如工行只有400多亿的流通股，但总市值却有2万多亿，可以撬动整个上证综指，导致虚涨或虚跌。
从股市的平均市盈率看，巴曙松指出，5年前上证指数达到2,245点时，整个市场的平均市盈率约为56倍，加权平均股价约为12元多，但在去年重回2,245点后，沪深两市平均市盈率只为28倍、30倍，加权平均股价才7元多。由此笔者估计，上证指数虚高在40%以上。实际上上证股指在2400-2500点左右。
另外，从2001年算起到2006年底 ，以GDP年均10%以上的增长率，2001年初2000多点，到2006年底以10%的产值增长率来算，应该在3200-3300左右，但上市公司的收益增长远高于GDP的增长，因此，到2006年底上证综指的理性价位应该在3500点左右。实际在2006年底上证综指才到2700多点，根本还没有回归到其应有的价位3500点。
这就是说，直到今年4月，我国的股市仅是回复到其应有的合理价位！当然这是从整体上说的，笔者不否定一些被爆炒的个股存在很大的泡沫风险！
但说上证综指到6100点，如果是年内就实现的话，风险就比较高了！投资者应谨慎观之！