对高新技术企业认定有三个重要问题。第一，高新技术企业的范围问题。《实施条例》将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品（服务）应属于《国家重点支持的高新技术领域》的范围，以解决现行政策执行中产品列举不全、覆盖面偏窄、前瞻性不足等问题。第二，高新技术企业的具体认定标准问题。《实施条例》原则规定研究开发费用占销售收入的比例、高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例、科技人员占企业职工总数的比例不低于规定比例，以及其他条件。具体的指标将在国务院科技、财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定的认定办法中明确，以便今后根据发展的需要适时调整。第三，核心自主知识产权问题。《实施条例》拟将高新技术企业的首要条件界定为拥有“自主知识产权”，但考虑到目前国家并没有对“自主知识产权”进行正式界定，如果将其理解为企业自身拥有的知识产权，则把商标权、外观设计、著作权等与企业核心技术竞争力关系不大的也包括在内，范围太宽泛。因此，《实施条例》最后采用“核心自主知识产权”作为高新技术企业的认定条件之一，相对容易操作，也突出了技术创新导向。其内涵主要是企业拥有的、并对企业主要产品或服务在技术上发挥核心支持作用的知识产权。