高等学校应当成为自主决策、自主管理、自我约束、自负盈亏的事业法人。应当明确的是，发展高等教育的活动主体是学校与社会，政府及其教育主管部门是指导者和推动者。高等教育不同于义务教育，不是“政府办教育”，而是政府指导和推动教育发展，是“社会办教育”，无论公办教育还是民办教育。中央和地方教育主管部门不再直接管理所属高校，也不再下达各种指令性计划指标，即使下达指标也只能是参考性的指导指标。高等学校应实行理事会领导下的校长负责制，理事会决定校长招聘方式和人选，校长对理事会负责，并受理事会监督和制约。理事会成员可由教育主管部门、中央或地方政府委派人员、企业界、科技界、教师代表组成。高校有权自主决策招生考试和录取。不同专业的学费数额、专业设置、教学计划、师资聘任资格。工资水平、经费筹措等，教育主管部门具有建议权、指导权、监督权和审计权。