明、清朝时期的敦煌
1368年明朝建立。1372年，明将冯胜经略河西，取得初步胜利，但敦煌仍在元朝残部的控制之下。为了防止蒙古东进，冯胜在肃州西七十里处建嘉峪关，成为明朝西部边关，敦煌被弃置关外。1391年，明朝出兵哈密，沙州蒙古王子归顺明朝。1404年，明朝设沙州卫，仍用蒙古后裔统辖。1446年，沙州内乱，明将任礼率军入沙州，把沙州卫属下二百余户迁入关内，沙州仍由蒙古后裔占据。以后吐鲁番势力强大，1515年攻沙州蒙古，1528年占领沙州。1524年，明朝关闭嘉峪关，1529年放弃哈密。
敦煌在明朝初年就已成为牧区。
公元1644年，明朝灭亡，清王朝一统天下。清朝建立后，采取了一些恢复敦煌社会经济的措施。
（一）移民屯垦、开设沙州。清康熙时开始经营西域，嘉峪关外的地域逐渐得到恢复。康熙五十七年（1718），在今玉门、安西一带设立赤斤、靖逆两卫，雍正元年（1723）复立沙州所，三年后升为沙州卫。
雍正四年（1726）命甘肃56州县移民敦煌，并进行屯垦。同时还在党河两岸新修了水利工程，共开永丰、普利、通裕、庆余、大有等5条水渠，又分出十条小渠，形成支渠与毛渠纵横交织的水利网。截止雍正七年（1729），共移民两千多户，共开田12万多亩。
（二）修城建署、设置敦煌县。原沙州故城，因受河水冲击，城垣多已毁坏。故在雍正年间移民屯垦的同时，在故城之东另筑一座新城。乾隆二十五年（1760），升沙州卫为敦煌县，隶安西同知。
（三）建学校、兴文教。敦煌建县后，除个别私塾外，尚无一所正规学校。时任知县的河北宛平县举人曾希孔，深感“涵育人才，以养以教”的重要，首先自捐俸银，积极倡建学校。在敦煌农商民众的支持资助下，创建了鸣沙书院。书院建成后，即招生聘师，传文授经。自此以后，城乡书院兴起，书院生徒增多，学风为之一振。
经过以上措施敦煌的社会经济开设复苏，逐渐恢复了以农耕为主的生产方式，人口也迅速增多，至乾隆年间已增至8万人。同治年间（1862～1874）敦煌地区再起波澜，陕、甘、新等地爆发的回民起义使敦煌一度成为回民与清军交战的战场。战乱中敦煌人口减少、经济衰退。清光绪三十年至三十三年（1904～1907）敦煌又发生了农民反对清政府肆意增加税收的抗粮斗争，这是一次农民自发的反抗封建剥削的正义斗争。
由于清朝的腐败, 敦煌的僻远, 敦煌藏经洞的发现没有及时为中国学术界所知。1903年视学甘肃的金石学家叶昌炽, 虽然接触到敦煌藏经洞出土经卷绘画, 但因为误信谣传, 以为藏经洞所出数百卷文物已瓜分殆尽。