在实质审查程序中最重要的专利代理工作就是答复审查意见通知书和修改专利申请文件。但除此之外，在实质审查程序中还有可能遇到其他一些专利代理工作，如会晤、电话讨论、对“修改文本不予接受通知书”的处理、对“视为撤回通知书”的处理、对“驳回决定”的处理、对“授予专利权通知书”的处理。本节将对上述专利代理工作作一简要说明。
实质审查程序中的其他代理工作
1. 会晤
在发明专利申请的实质审查程序中，国家知识产权局专利局与申请人之间通常采用书面方式（即审查意见通知书和意见陈述书）交换意见。但是，为加快审查进程，还可以采用当面直接交换意见的方式，审查指南第二部分第八章将这种交换意见的方式称作“会晤”。
(1)会晤的启动方式
会晤属于发明专利申请实质审查程序中的一种子程序。由于会晤时审查员与专利申请人双方能直接交换意见，进行充分的讨论，从而可较容易地达成意见一致，因而审查指南第二部分第八章第4.12节中规定，任何一方认为通过会晤有助于审查时，均可采取启动会晤的措施。也就是说，会晤有两种启动方式。
(i)审查员在发明专利申请实质审查期间认为需要与专利代理人或专利申请人当面商讨审查中的疑难问题时，可以发出会晤约请，按照审查指南第二部分第八章第4.12.1节的规定，这通常应当在发出第一次审查意见通知书之后。
(ii)专利代理人和专利申请人在收到第一次审查意见通知书后，由于不能十分清楚理解审查意见通知书的内容而需要就申请文件的修改与审查员商讨时或者想当面向审查员进一步更清楚地表述自己的观点时可以在答复第一次审查意见通知书的同时或者之后向国家知识产权局专利局提出会晤请求，经国家知识产权局专利局同意而启动会晤。
不管是审查员主动约请会晤还是专利申请人要求会晤，都必须事先约定。按审查指南第二部分第八章第4.12.1节的规定，该约定可以采用书面方式，如国家知识产权局专利局以会晤通知书方式表示同意会晤，或者国家知识产权局专利局直接发出会晤通知书；但也可以采用电话约定方式，如双方主动以电话方式来约定会晤，或者国家知识产权局专利局以电话通知方式表示同意专利申请人在意见陈述书中提出的会晤请求。
对于已约定的会晤日期，专利申请人或专利代理人应当按时参加，通常不要请求更改日期。如果无正当理由提出更改日期或者不参加会晤的，国家知识产权局专利局有可能就不再另行安排会晤，从而丧失了当面直接交换意见的机会。如果专利代理人和专利申请人对于会晤通知书上指定的日期确实有困难而无法会晤的，应当在指定的期限内、最好以电话方式向国家知识产权局专利局说明不能在此时间参加会晤的理由，以便另行安排会晤日期。
目前有些专利申请人或专利代理人未与审查员约定，就自行前来找审查员面谈，这是不允许的。审查员完全可以拒绝这样的会见，因为这不符合正常的实质审查程序。更何况审查员对这样的面谈没有思想准备，甚至手头还没有该申请案的案卷，即使审查员同意当面倾听一下意见，也必然会影响会晤的质量，达不到会晤的效果。因此专利代理人和专利申请人应当事先提出会晤请求，经同意后再与审查员进行会晤。
(2)会晤应当注意的几个问题
由于会晤是专利代理人或专利申请人与审查员当面直接交换意见的有利机会，应当牢牢把握住这次机会。为使会晤取得比较满意的结果，在会晤时需要注意下述几个问题。
(i)会晤前要做好充分准备。
首先，应当在提出会晤请求或者与审查员约定会晤时使双方明确会晤所要讨论的问题，从而能更好地准备，力争通过会晤解决问题。其次，在修改专利申请文件的情况下，最好将修改的文本事先提交给国家知识产权局专利局，审查员就可在会晤前对该修改文本作进一步审查，从而会晤时双方就可针对该修改文本进行比较充分的讨论。另外，在会晤前应当与专利申请人做好两手准备，一方面朝着对专利申请人最有利的方向去争取，另一方面要考虑审查员不同意上述最有利的方案时可以在哪些方面作出一些让步，最多可退到什么程度，这样在会晤时达不到原定争取的目标时，就可立即与审查员进一步讨论备用的后退方案。
(ii)专利代理人必须参加会晤。
是委托专利代理的申请案，专利代理人必须参加会晤。因为在专利代理委托书中已写明委托专利代理人办理专利申请、审批（包括复审）程序的有关事务，因而实审期间的会晤必须有专利代理人参加。申请人不得单独会晤，否则国家知识产权局专利局可以有权拒绝会晤。但是，按照审查指南第二部分第八章第4.12.2节的规定，在委托专利代理的情况下，申请人可以与专利代理人一起参加会晤。因此，如果会晤所讨论的问题有可能涉及具体技术内容时，应当请专利申请人或者请专利申请人再委托发明人一起参加会晤。
需要注意的是，参加会晤人员必须出示能说明其身份的证明，由审查员确认。这样规定是为了保护专利申请人的利益，避免被其他人员冒充来探听本申请有关的内容。对于专利代理人应当出示专利代理人证书，更换专利代理人的还应当办理著录项目变更手续，并在著录项目变更手续合格后由变更后的专利代理人参加会晤。对于职务发明申请的申请人，由其指定的人员参加会晤时，应当出示证明其身份的证件和单位出具的介绍信；而对于个人申请人，只须出示身份证或工作证即可。
(iii)会晤记录不能代替专利申请人的正式答复或者对申请文件的修改。
会晤结束时，审查员用会晤记录将双方讨论交换意见的情况记录下来，但审查指南第二部分第八章第4.12.3节中明确规定，不能用会晤记录来代替意见陈述书或提交的修改申请文件。即使在会晤中，双方就如何修改专利申请文件达成了一致意见，只要这些修改不属于审查员可以依职权进行的修改，专利申请人就必须重新提交正式的修改文本。
会晤后，将根据会晤讨论的意见，确定是由国家知识产权局专利局继续以书面方式进行审查还是由专利申请人陈述意见和/或提交修改的申请文件。对于后者，将会根据案情在会晤记录中明确该答复期限不因会晤而改变还是视情况延长一个月，或者在会晤记录中另行指定提交修改文件或陈述意见的期限。此时，请专利代理人一定要按期作出答复或提交修改文件，因为审查指南第二部分第八章第4.12.3节已明确此提交修改文件或陈述意见视作对审查意见通知书的答复，未按期答复或提交修改文件的，该申请将被视为撤回。
2. 电话讨论
按照审查指南第二部分第八章第4.13节的规定，电话讨论是发明专利申请实质审查程序中的一种辅助手段，主要用来解决申请文件存在的次要的、且不会引起误解的形式方面的缺陷所涉及的问题。按实践情况来看，往往在一件专利申请基本上可以授权、但申请文件尚存在一些次要的不会影响保护范围的缺陷时，审查员为加快审查就以电话讨论的方式通知专利代理人或专利申请人。由此可知，审查员主动采用电话讨论方式就意味着该专利申请极有可能在近期内被授予专利权，因而此时专利代理人应当积极配合。由于在这种情况下申请文件仅存在形式上的缺陷，基本上不会影响专利申请的保护范围，通常可以尽快按照电话讨论时所提出的要求提交新修改的申请文件，以促使专利申请早日授权。
此外，如果专利代理人在收到审查意见通知书而不能准确理解通知书中的意见时，也可以主动打电话向审查员请教，以便更有针对性地修改申请文件。尽管目前审查指南第二部分第八章第4.13节并未明确规定电话讨论包括这方面的内容，但国家知识产权局专利局也并未禁止这种做法，因而当案情确实需要，可以用电话联系方式与审查员进行沟通。由于这样做有利于加快审查，绝大多数审查员是会接受的。
3. 对“修改文本不予接受通知书”的处理
在前面已经指出，如果在答复审查意见时通知书时所提交的修改文本中所作修改既不是针对通知书中指出的缺陷所进行的修改内容、又不是针对申请文件所存在的缺陷进行的，则这样的修改不符合专利法实施细则第五十一条第三款的规定，该专利申请文件的修改文本将不予接受。如果申请文件所有的修改均属于这种情况，则国家知识产权局专利局直接发出“修改文本不予接受通知书”；如果申请文件所作的修改既有按照通知书要求进行的修改，又有未按照通知书要求进行的修改，则国家知识产权局专利局会发出审查意见通知书，在提出其他审查意见的同时要求删去其中不符合前次通知书要求的修改内容。
当收到这样的通知书后，应当认真分析一下审查员所认定的不符合前次通知书的修改内容是否是克服原申请文件存在的缺陷。如果是克服原申请文件存在的缺陷，不论是针对通知书指出的缺陷，还是针对自行发现的原申请文件存在的缺陷，则应当属于可接受的修改。此时应当与审查员进行商讨，说明这样的修改是朝着克服原申请文件所存在的缺陷这个方向进行的，既未扩大独立权利要求所请求保护的范围，也不是将仅在说明书中记载的与原来要求保护的主题缺乏单一性的技术内容作为修改后权利要求的主题，因而不属于审查指南第二部分第八章第5.2.1节中所列举的四种不符合
专利法实施细则第五十一条第三款规定的情况，以说服审查员接受该修改文本。
相反，如果审查员所认定的不符合前次通知书的修改内容是删去独立权利要求技术特征而扩大了保护范围，或者改变独立权利要求的技术特征导致扩大了保护范围，或者增加新的独立权利要求而该独立权利要求在原权利要求中未出现过，或者将仅在说明书中记载的与原来要求保护的主题缺乏单一性的技术内容作为修改后权利要求的主题，则这样的修改按照审查指南的规定确实属于不符合专利法实施细则第五十一条第三款的情况，这时就应当将上述修改内容从修改的专利申请文本中删去，以使该新修改的专利申请文件文本符合规定。若此时仍不删除，就会被视为在通知书指定期限内未对通知书作出答复，专利申请将被视为撤回。因此，专利代理人和专利申请人对此应当引起足够的重视。
4. 对“视为撤回通知书”的处理
发明专利申请实质审查期间发出“视为撤回通知书”主要有两种情况，一种是国家知识产权局专利局在通知书指定答复期限届满时仍未收到专利申请人的答复或提交的修改文本，另一种是由于修改文本不予接受而导致的。
对于前一种情况，如果并不是专利申请人明确表示放弃专利申请而不作答复的情况，则在收到“视为撤回通知书”后，应当考虑是否提出恢复权利请求。此时专利申 请人若仍未给出答复指示，应及时将此视为撤回通知书转给申请人，并要求其尽快明确表态是否放弃专利申请，若不放弃的话，应当尽快给出答复指示，一旦收到指示，就应当在收到该视为撤回通知书之日起两个月内提出权利恢复请求，并同时缴纳恢复权利请求费，而且应当在此之前提交意见陈述书和/或申请文件修改文本，以消除造成权利丧失的原因。对于收到“视为撤回通知书”时专利申请人已经给出答复指示的情况，则立即提出权利恢复请求，缴纳恢复权利请求费以及提交意见陈述书和/或申请文件修改文本。对前一种情况，还有一种可能是已按期作出答复和/或提交了申请文件的修改文本，但由于某种客观原因而造成了国家知识产权局专利局仍认定未按期答复。此时，由于客观原因不明，专利代理人应当先主动提出权利恢复请求、缴纳恢复权利请求费以及再次提交意见陈述书和/或申请文件修改文本；并在此同时提供有关已按期作出答复的证据，请国家知识产权局专利局核实，核实后再退回所缴纳的恢复权利请求费。
对于后一种由于修改文本不予接受而导致的“视为撤回通知书”来说，应当考虑采用权利恢复请求还是采用行政复议的补救措施。如果仍然认为修改符合专利法实施细则第五十一条第三款的规定，则应当在收到权利通知书之日起两个月内提出行政复议请求。如果可以考虑将原有争议的修改内容删去，则可以在收到通知书之日起两个月内提出权利恢复请求、缴纳恢复权利请求费，并提交已删去不符合专利法实施细则第五十一条第三款规定的修改内容的专利申请修改文件。
5. 对“驳回决定”的处理
在发明专利申请实质审查期间，如果专利申请人在对审查意见通知书作出答复时未对专利申请文件进行修改、且在意见陈述书中未给出有说服力的理由，或者在针对第二次审查意见通知书或其后的审查意见作出答复时新修改的专利申请文件仍存在足以用已通知申请人的理由和证据予以驳回的实质性缺陷，则国家知识产权局专利局继续审查后就有可能作出驳回决定。
专利代理人收到该驳回决定后，应当立即将该驳回决定转送给委托人，与委托人商量要否提出复审请求。通常在向委托人转送驳回决定前，应当对驳回决定作比较全面的研究，以便在转送驳回决定时向委托人提出合理的建议。如果认为驳回决定的实体内容不正确或者尚有商讨余地，此时不论在实质审查期间国家知识产权局专利局是否存在程序错误，均存在着通过复审而去争取专利权的可能，因此可以向委托人说明情况，由其决定是否提出复审请求。其中驳回决定明显存在错误时，如同意享受优先权而用优先权日和申请日之间公开的对比文件来否定专利申请的创造性，就可以明确告知申请人，应当提出复审请求。而对驳回决定的理由尚有商讨余地时，则告知委托人可通过复审去争取，但存在着一定的难度。此外，通过分析，认为驳回决定的实体内容正确，则应分成两种情况来考虑：如果可通过修改申请文件消除驳回决定理由所涉及的申请文件存在的实质性缺陷，应将此分析结果告知委托人，并说明可通过复审程序中修改申请文件来争取撤销驳回决定，请委托人考虑是否提出复审请求；相反，如果认为整个专利申请基本上无授权背景，此时只需简单转送驳回决定，告知对驳回决定存在着法律救济手段，但不要提供参考意见，而由委托人自行决定是否提出复审请求，而且在这种情况下，委托人准备提出复审请求时，最好再向委托人指出此复审请求成功的难度极大，并较详细地说明理由，让委托人最后确认一下要否再提出复审请求。如果委托人坚持提出复审请求，则应当尽力去为委托人争取一个好的结果。对后一种情况，还需要说明一点，此时若国家知识产权局专利局在作出驳回决定时存在着程序缺陷，并不意味着有提出复审请求的必要，因为虽然复审请求针对驳回决定程序错误提出可以取得成功，但由于其实体判断正确国家知识产权局专利局克服程序错误后仍会重新作出驳回决定，因而最后专利申请仍然不能授权。
一旦委托人准备提出复审请求，则应当尽快为委托人作好准备，在收到驳回决定之日起三个月内向专利复审委员会提出复审请求，从而该专利申请进入复审程序。有关复审程序中的专利代理工作可参阅本章第四节。
6. 对“授予专利权通知书”的处理
发明专利申请实质审查后没有发现驳回理由的，国家知识产权局专利局将发出授予发明专利权通知书和办理登记手续通知书。此时意味着该专利申请即将授权
专利代理人在收到“授予专利权通知书”后，应当在专利法规定的自收到该通知书之日起两个月内为委托人办理专利登记手续。此时该专利申请进入了授予专利权阶段，也可称作专利授权程序。有关这方面的专利代理工作将在本章第三节中作进一步介绍。