我国新型农村合作医疗（简称新农合）自2003年试行，2007年全面推行以来，经历了8个年头，取得了可喜的成绩，卫生部通报2009年情况：参合人次8.33亿，筹集资金944.35亿元；补偿7.59亿人次，其中住院补偿0.62亿人次，补偿费用762.47亿元，人均1229.79元，大大缓解了部分农民“看病难”的问题。在取得可喜的成绩同时，我们也要清醒的看到存在的问题，而且这问题目前没有改善的迹象，反而有愈演愈烈的情况。卫生行政部门监管严重失职，主要表现如下：
一、收钱的不能监督用钱的。新农合制度是由卫生部牵头组织实施，从一开始就把卫生行政部门的权利抬高，责任降低，譬如参合率只考核基层政府的工作，却把基金使用的卫生部门（医疗机构、新农合机构）排除在外。而处在基金收缴最前沿的乡政府对基金使用毫不知情，县政府也就知道一个大数。农民把在医疗单位、新农合机构因医疗费、报账等受的气全部撒到乡干部身上，乡干部是“猪八戒照镜子”——里外不是人。我们会到一些乡镇干部，他们都大倒苦水：如一农户，本来家庭困难，一个阑尾炎手术花了五、六千元，报账只给了几百元，找医院，医院说我是按物价收费的；找农合机构，农合人员说，这是单病种，限额收费，固定报账，你去找医院退钱。乡镇干部想帮他们解决，同样这几句话打发。因为乡干部只有收钱的份，没有监督的份，基金使用是否合理不用你知道，不想你知道。
二、骗钱骗到温家宝。温总理提出目标，2007年80%以上的农民都要享受新农合政策，到2009年各级政府要求90%以上农民要参合。目标容易提，达到却没有那么简单，有制度和机制的原因，更有人为的原因，当前只认“人民币”，却很少的人认“人民”。由于宣传不到位、服务差、报账低、人员流动大等原因，不少农民不愿参加或不知到哪里参加，导致很多地区到12月31日参合率实际不足80%。如2009年12月湖南通报的参合数据最高的郴州市宜章县100.74%、最低的衡阳市雁峰区37.62%，永州市平均78.79%（见湘合医组字〔2009〕4号）。为了达到90%这一宏伟目标，各地大显身手：通过农民种粮直补款中扣，称协议筹资，农民自愿还好，很多情况并非农民真实意愿；乡村干部先行垫钱，之后“造”名字；把城镇居民一起纳入；再不够请在职职工参加；最后一招，也是最狠的一招，通过各种手段请统计局把农业人口减少一些，全部搞定，你想达到90%就让你达到，101%也可以。既达到温总理提出的目标，又可为当地得到更多的上级财政补助，这样不管怎么样也相当于为地方“招商引资”吧。据了解某县2009年上级农村公共卫生服务拨款时，2008年底农业人口是45万多，然而新农合应参合人数上报就变成39万多。有数据显示湖南农业人口2008年底是5225.2万人，但2009年通报显示湖南农业人口5061.9万人，少了163.3万人（即3%）。
三、农合机构在“洗钱”，不是在补偿。国家要求农合机构人员、业务经费要全额保障，不得向医疗机构拉赞助、报发票。可是人的欲望是无止境的，再说农合机构还要应付来自各方不必要的开支。自己守着几千万，甚至上亿的资金不能用，那就变换一种方式用。你医疗机构不是要定点吗？你不是要报账吗？你就没有违规行为吗？有，就好办。我这办公室需要装修，请你赞助；有领导来检查要用餐，就计到你单位上吧；这有几张发票，帮忙解决一下；等等。某50万人口的县2007年新农合启动时，到各医疗机构拉赞助就不下十万元，到民办医院要的“赞助”就更多。新农合变成“想定点就捐款”，这跟洗钱有什么区别？医疗机构既然给了你卫生行政、农合好处，好吧“羊毛出在羊身上”，政府并没有这预算，我医疗机构自负盈亏，到时我违规了你甭怪我。当然，钱是国家的，大家的，只要用出去即可，管他合不合规定，关我农合机构何干。
四、医疗机构违规操作现象超乎想象。既然我医疗机构付出了，那就应有额外的回报，医疗机构的违规主要表现有一是扩大住院指征，挂床住院现象严重，如普通感冒、肾小结石病、皮肤擦伤等都变成住院病人；在有些乡镇卫生院超过80%的门诊病人有造病历计入住院嫌疑，某卫生院8张病床，当天检查有17人记为住院；二是治疗服务行为不规范，无依据诊断、检查、治疗，如某患者自诉四肢关节痛，无实验室依据，诊断为“痛风”收入住院，接着无依据用药四种抗生素；某右上腹疼痛疑似胃病患者无胃镜检查依据诊断“胃溃疡”收治住院；三是滥用药现象严重，特别是滥用抗生素，一般二级医院滥用高档药，如多数外科病人无论病情用亮菌甲素；四是过高收费，参合农民不堪重负，受益率低，如上面提到的单纯性阑尾炎这样的病，在公立医院经常突破四千元的费用，甚至高的达七千元。还有医患串通骗取农合基金；不执行即时结算制度，导致参合农民往返多次不能报账，有一病人，为了700多元医疗费报账从乡下往返5次，历时3个月才得以报账，所的款项230多元。
五、监管不力，卫生行政部门严重失职。以上提到的问题有些是制度、体制的原因，如基金监管，更重要的是卫生行政部门失去监督或没有监督，如医疗机构服务，更为严重的是卫生行政部门对新农合、医疗机构呵护有加。调查发现新农合基金从收缴、登记、使用，具体都由新农合机构办理，专款专存，收支两条线，钱由财政管理。但这里有一问题，财政只管钱的划进划出，并不管细数，效率如何他并不知道，也不专业，什么病花多少钱，他无从知道。再就是新农合，许多县市农合办主任就是卫生局副局长，几乎不用第三方监督。即使不是同一个人，也很难监督，农合办主任与卫生局副局长同级，双方都是科级干部，公务员，目前在中国这种机制还不足以对被管理方怎么样。还有就是，很多医疗机构根本没有服务能力，但也批准为定点医疗机构，如有些乡镇卫生院连一名执业医师都没有，不仅批准开业、还批准定点，没有护士、医技人员、基本医疗设备就更多了，一个县就那么一两家大一点的公立医院，违规了又能奈何我？但对民办医院却处处设限。我们知道商业保险公司是企业，企业要讲求效率、利润，不然无法生存，另外国家为了规范管理保险公司行为，还成立了保监会，专门监督保险公司的。而一年有九百多亿资金使用的新农合，却几乎没有监管，卫生行政部门连在内部都没有形成监督机制。同样的病有的可以报几千，有的只报几百，为什么？
六、新农合计算机信息化管理系统犹如造假系统。一般而然，人经常容易变通，但计算机却很机械，不知变通，但现在新农合的信息化系统也知道变通。本来计算机逻辑性、因果关系很强，没有入库，就肯定不能出库，但现在可好，某新农合系统按省卫生厅要求，进行人性化设计，没有应参合人数，可以直接录入参合；更厉害的是没有资金流入，同样可以用信息系统报账，可以有资金流出，并且可以计算基金使用情况。信息化本来是用来加强管理，防止人为因素过多，同时也方便管理而使用，现在却变成造假的帮凶，真是比尔盖茨也没有这么聪明。其实新农合能较好运行得益于信息化管理，一个县少则二十万，多着上百万人口，如果人工管理，困难可想而知。
卫生行政连新农合都管不好，还能管好什么？著名卫生经济学家杜乐勋曾说过，如果卫生部门，不利用新农合政策这一好契机把医疗机构规范起来，同时树立良好的行政形象，就没有机会了。
几点建议：健全制度、规范机制、决策正确、执行落实、监督到位。决策、执行、监督互不干扰，三权分立。