案例：一公司是新办软件企业，成立于2007年10月，在2007年已经被信息产业局认定为软件企业，并经税务审核认定，在2007年公司没有利润，但2008年开始有微利。2008年1月中旬，该公司向税务机关申请“两免三减半”优惠，由于当时新所得税法刚刚开始实施，可以查询到的关于企业所得税的新法律法规只有《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》、《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号），《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）四部文件。这四部文件都没有直接规定国家对软件企业的税收优惠，因此税务机关专管员负责通知该公司，目前没有优惠政策，暂不受理该企业的优惠申请。2月初，，该公司再次询问税务机关是否可以享受优惠，税务机关接待人员在简单了解该公司情况后，得知该企业不仅具有软件企业证书而且同时具有高新技术企业证书。就告知该企业可以享受15%的优惠税率，该公司十分高兴。但是，还没有过几天，该公司又接到税务机关电话通知，国家税务总局已经明确高新企业必须重新认定，在认定之前暂按照25%参加2008年第一季度企业所得税预缴。该公司会计人员很是失望，恰好在3月中旬和我取得了联系，我就将手中收集到的财税[2008}1号文件发给了这个会计人员。这个会计人员就拿着自己打印的财税[2008}1号文件找到了主管税务机关，其实这个时候主管税务机关也同样依靠网络看见了财税[2008}1号文件。税务机关有关人士指出，财税[2008}1号文件所说的新办软件企业应该是指2008年1月1日以后成立的企业，该公司成立于2007年7月，根本不属于财税[2008}1号文件所说的新办软件企业，没有资格享受财税[2008}1号文件规定的“两免三减半”优惠政策。税务机关的解释合理吗？笔者认为，税务机关认定该公司不属于财税[2008}1号文件所说的新办软件企业是正确的，但是该公司依然有资格获得新办软件企业“两免三减半”税收优惠政策。对软件企业的优惠,虽然08年以前执行的是财税[2000]25号和财税[2002]70号,08年以后执行的是财税[2008}1号文,但是二者内容上是一脉相传的，并不矛盾。作为一个07年10月份成立的软件企业，该公司可以按照国税发[2005]129号文件《税收减免管理办法(试行)》所附录的新办软件企业审批条件向税务机关申请审批，审批合格后就可以依法享受两免三减半的优惠。按照国税发[2005]129号文件,该公司应当在政策规定的减免税期限内，向主管税务机关提出书面申请。税务机关即使在2008年1月1日以后才收到该公司的优惠申请，按照“实体法从旧,程序法从新”的法律适用原则，税务机关应当依据2008年1月1日以前财税[2000]25号和财税[2002]70号这两部实体文件审核该公司是否符合优惠条件，从而决定是否给予该公司“两免三减半”的优惠待遇。