在日本的明治维新以后（清朝末年），纳豆由寺院、皇室逐渐流向民间，最初只是在东京地区流行。这时期东京地区开始有了制造纳豆的小作坊，出现了走街串巷卖纳豆小贩的吆喝声，这种现象一直延续到二次世界大站以后较长的一段时期，并形成了东京人一年中不可缺的美食。
在那时东京的书籍中有这样的描述，“乌鸦有不叫的日子，但没有不来卖纳豆的日子”逃着担子卖纳豆的小贩比比皆是，成为东京地区人民最喜爱的食物。
由于纳豆中含有大量的提高脑力、活化大脑的成分，如：胆碱、卵磷脂、优质小分子蛋白质、多种维生素等，也为东京以后发展成为世界著名的大都市起到一定的作用。
纳豆菌的命名和确立，开创纳豆新时代
纳豆菌的命名和确立，开创纳豆新时代
1905年日本北海道大学的池村博士，从土壤中分离出纳豆菌种。试验后发现其品质大大优于用稻草上的菌种生产的纳豆生产，摆脱了使用稻草上的菌种生产纳豆的历史。
以后，随着专用纳豆菌种的使用，纳豆的品质越来越好，纳豆的功效和药效才越来越显现，从此开创了纳豆从营养食品到具有药效和功效的微生态、健康食品的新时代。
在二战中，日本军队，营养品和药品匮乏，纳豆被定为军需品，专为军队补充营养和防治疟疾等传染病所有，当时有“军舰纳豆”之称。
（1）纳豆则可完全满足人对蛋白质和脂肪的需要。吃纳豆就像同时吃了大米、鱼、肉等食 品。
（1）纳豆则可完全满足人对蛋白质和脂肪的需要。吃纳豆就像同时吃了大米、鱼、肉等食 品。
（2）纳豆菌对各种各样的病原菌有杀菌作用，特别是对痢疾和疟疾等。防止这类疾病，就应该好好利用纳豆。
（3）少量食用纳豆，在其独特的风味和生菌效果的作用下，可增加食欲和帮助消化。
日本圣玛丽安娜医科大学疑难病治疗研究中心和日本生物科
研究所最近发现，纳豆(类似我国的豆豉)菌分泌的纳豆激酶有制血小板凝固的作用，有助于预 防高血压和动脉硬化。据《日经产业新闻》10日报道，研究人员让接受实验者食用纳豆激酶的培养提取物，然后化验 他 们的血液。他们发现，食用这种提取物6小时后，实验对象血小板的凝固作用受到抑制。研究人员
据此断定，纳豆激酶具有溶化血栓、使血流顺畅的功能。研究人员计划进一步研究纳豆激酶抑制 血小板凝固的机理，以此为突破口寻找最佳途径预防血栓引起的各种疾病，并开发新的保健食品。