摩德纳-雷焦·艾米里亚大学的起源要追溯至1175年，成立于博洛尼亚大学诞生后几十年，是意大利乃至全世界最为古老的大学之一。第一个执教老师是 来自博洛尼亚的Pillio da Medici-na。法学院随后围绕他而建立，并构成了大学的核心。在之后的两个世纪中，学院的教学范围扩展至法律研究、公证人培训以及医学研究。

大学随后的历史则深深地刻上了变迁执政的埃斯特家族之标记。十五世纪与十七世纪学院的教学活动大幅减少。直到1772年大学才恢复其原有的光彩和学 术声望，受到来自公爵弗朗西斯三世的皇家宪章 。大学设有多种学科，包括法学、医学、药学以及数学、物理与自然科学。在近代，1989年成立了工程系，经济系紧随其后建于1968年。1998年是大学 历史上极为重要的一年，雷焦·艾米里亚校区创建，摩德纳-雷焦·艾米里亚大学在地方机构的支持下成立。

事实上，雷焦·艾米里亚早已拥有古老高尚的大学研究传统。早在1188年就成立了一所法学院。1752年雷焦大学拥有四个学院：法律、神学、医学与 哲学。然而其教学活动只持续到1772年，弗朗西斯三世改革后其学位颁发权被撤销，并被唯一授予摩德纳大学。

摩德纳-雷焦·艾米里亚大学于1998年成立，不仅把两个城市的悠久传统融于同一院校，更为大学的发展注入了新的活力，促使科研学术活动大幅增长， 延续至今。

工程学院与农学院于1998年在雷焦·艾米里亚成立，文哲学院随后于1999年在摩德纳成立。之后大学见证了传媒学院、经济学院与教育学院在雷焦· 艾米里亚的诞生，而摩德纳校区则继续发展壮大，成立了生物科学与生物技术学院。