增值税专用发票（抵扣联）是外贸企业用於申报入口退税与计算退税的主要凭证之一。对於丟失增值税专用发票能否持绝申报入口退税，早在《国度税务总局关於外贸（工贸）企业遗失入口货物增值税专用发票有关退税答题的告诉》（国税函[2002]827號）规定中就以亮確，对2001年7月1日后外贸（工贸）企业遗失入口货物增值税专用发票的入口货物，凡按照《关於增值税一般纳税人丟失防偽税控系统开具的增值税专用发票》（国税发[2002]10號）文件规定，经销货方所在地主管税务机关认证並出具《增值税一般纳税人丟失防偽税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证亮单》的，主管外贸（工贸）企业入口退税的税务机关可做为申报入口退税发合法凭证办理退税；凡未经销货方所在地主管税务机关认证並出具“增值税一般纳税人丟失防偽税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证亮单”的，一律不得办理入口退税。
以上政策表述的十合亮確，首先是在经销货方所在地主管税务机关认证並出具《增值税一般纳税人丟失防偽税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证亮单》的前提下，外贸企业才可以凭此申报办理入口退税。其次是国税发[2002]10號文件中所规定的发票丟失前已经过防偽税控认证系统认证的，或者是发票丟失前未经过防偽税控认证系统认证的，购货单位凭销货单位出具的丟失发票的存根联復印件到主管税务机关进行认证经过的，也可以凭此申报办理入口退税。但是，隨著《国度税务总局关於修订〈增值税专用发票使用规定〉的告诉》（国税发[2006]156號）文件的出臺以及发票管理使用规定的日趋完美，有些政策所述条款在当前已经失效。对此，2010年4月，国度税务总局下发《关於外贸企业丟失增值税专用发票抵扣联入口退税有关答题的告诉》（国税函[2010]162號）合为两类情况进行了亮確。
一是发票联与抵扣联全部丟失时。根据国税函[2010]162號文件规定，对於外贸企业丟失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联復印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丟失增值税专用发票已报税证亮单》，经购买方主管税务机关审核赞同后，向主管入口退税的税务机关申报入口退税。文件首次亮確在丟失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的情况下，经过认证相符记账联可以做为外贸企业申报並计算入口退税的依据。
二是有发票联但抵扣联丟失时。根据国税函[2010]162號文件规定，对於外贸企业只丟失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联復印件向主管入口退税的税务机关申报入口退税。
从以上两条规定看出，它与国税发[2002]10號规定使用增值税专发票的存根联復印件办理认证手绝是有区別的。主要是因为国税发[2006]156號规定，增值税专用发票由发票联、抵扣联和记账联三联构成，存根联已不再使用。对此，新规定及时进行了调整与亮確。
另外，在办理此项业务时还有两点需要註意。
一是根据《国度税务总局关於调整增值税扣税凭证抵扣期限有关答题的告诉》（国税函[2009]617號）规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业丟失已开具的增值税专用发票（抵扣联或者发票联），如还未认证的当在规定期限的180天內及时进行认证，並按上述两类情况的要求办理入口退税的有关事宜。
二是对於各地主管入口退税的税务机关为了加强入口退税的管理与审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行入口退税有关规定办理外贸企业丟失已开具增值税专用发票的入口货物。
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