从东蒙古西迁到青海的蒙古族首领和当地藏族部落及明朝政府多次对宗喀巴领衔的塔尔寺进行翻修、扩建、新建，最终成了格鲁派六大寺院之首。宗喀巴弟子释迦益西受明廷召请，两次赴京朝贡，永乐帝封其为“西天佛子大国师”， 宗喀巴成为了大国师之师，从此格鲁派得到中央王朝的确认。

后来驻牧于青海湖一带的蒙古土默特部首领俺答汗也想通过宗教的力量巩固其统治，于是在1576年派人到西藏迎请格鲁派领袖索南嘉措。1578年，索南嘉措和俺答汗在青海湖畔的仰化寺会晤，双方以蒙元时代蒙古统治者和萨迦派的关系为参照，结成同盟。他们还互赠尊号，其中俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达赖喇叭”的称号，这就是达赖喇叭名号的开端，由于索南嘉措比较年青，所以把前两位数虚让给了前辈根敦珠巴和根敦嘉措。自己就在这一系统中当了第三世，实际就是达赖称号始祖。

此次会晤之后，黄教的影响逐渐遍及青海、蒙古各地，而东蒙古各部也纷纷入居青海草原，最终达到29个部落。索南嘉措死后，俺答汗的孙子云登嘉措被认定为第四世达赖喇叭。也有人说，土然特蒙古族是成吉思汗后裔，所以成吉思汗的玄孙云登继承了达赖喇叭宝座。但四世达赖喇叭遭到了西藏藏巴政权的抵制。在激烈的明争暗斗角逐中，成吉思汗玄孙云登嘉措四世达赖喇叭被人暗中伤害致死。随后藏巴汗下令禁止达赖转世。后来在札什伦布寺寺主罗桑却吉坚赞的斡旋下，五世达赖喇叭得以顺利转世，格鲁派集团开始在藏族社会上取得优势。最后，仅有20岁且找了40岁遗孀做老婆的达颜大汗统一了北元六部，并于明朝分庭抗礼。例如，①呼和浩特等地居住的土默特②察哈尔③鄂尔多斯④在蒙古斯坦的哈拉汗⑤乌良海⑥永昌府。从此，北方的大蒙古地区都信仰了佛教。

    在格鲁派和蒙古土默特部建立联系的过程中，在蒙古各部和元明清政府的支持下，青藏地区新建、改宗的格鲁派寺院很多，格鲁派后来居上，终成了藏传佛教诸派中最具势力的一个教派。