河西战役中，马家军在红军长征2万5千里筋疲力尽过程中乘虚而入共俘红军6000余人。其中红军在最后决战关头，伤病员几乎全部为马军所虏，记约3000余人，先后被集中到甘州城中，为韩起禄部活埋。西路军退入祁连雪山之后，马步芳又派骑兵反复搜山，隐藏于山林中的伤员也大部分遭到残杀。其中红军三十军八十八师师长熊厚发因负伤动脉断裂不能行走，这位24岁的年轻师长被俘后竟被敌人做为靶子乱枪打死。九军军长孙玉清在酒泉金佛寺五道口附近被俘，后其被秘密杀害。西路军参谋长、政治部主任及团营长17人也先后被杀。西路军部分人员被俘压至西宁，编为马步芳的普通团，1937年因抢夺改警戒枪支未遂，官兵400余人全部在西宁南滩外被活埋。此外，被俘红军中的伤病员及部分军政干部约200余人，也在南门外被秘密残杀，100余名伤病员在押送途中随地被杀掉。

    马步芳还将剩余的男女红军编成补充团、工兵营或拨分各厂罚做苦役。其中约700名男女红军被强拉到青藏公路沿线，从事修渠、建桥、筑路等苦役。此外红军供给部的大部分女同志和政治部的宣传队、医护人员亦为马部俘获，共约200余人，押解西宁后亦受尽凌辱，除部分丑的押送到羊毛厂做苦力之外，其俊俏的红军女战士均为马部军官霸占为妻妾或转送部下。

    马步芳军队对红军俘虏的残害，最终都受到了因果报应。马家军消灭了6000红军，最后自己的12万军队又被毛泽东领导的解放军消灭。