虽然供应商管理系统在中国已经很多年了，在中国能够成功实施SCM的企业并不多，SCM真正从概念转化为实际实施应用中还存在着非常多的困难，这些困难大致包括：
一、预测与计划功能效果不佳。
目前，市场高速发展，企业的产品生命周期越来越短，这便要求企业对市场反应能够做出迅速的判断，这导致许多企业希望借助各种软件分析来协助加快对市场反应速度。但是，数学建模有其缺陷性，即使是再精确的模型，也无法对宏观经济形势，特别是消费者心理行为作准确计算，从而精确预测出某种产品的市场需求量，供应商管理软件同样有心无力。
二、企业内部管理之间缺乏信任和协作。
虽然在目前中国的市场，渠道为王，决胜终端，已是不争的事实。在这样的一个存在互相博弈和激烈竞争的市场上，企业间能够开展信任和合作是比较困难，建立供应链联盟，制作对供应链进行统一管理系统难度还是较大的。但是，众多拥有雄厚资金背景的大型企业还是通过自建渠道、开分店、经销商加盟等形式将供应链进行统一管理。
三、供应链中存在“信息孤岛”
现存的供应链中诸多公司都有自己的内部信息系统，正因为如此，将各内部系统接口进行统一，单是此项工作的工作量就能令人生畏。
所以，在SCM的层次模型中，层次越高的功能，实施的困难就越大;层次越低的功能，实施的困难相对比较容易，因而应用的普及程度也就较高。最低层的各种自动化技术，如EDI、条形码、GIS等技术，就已经得到了比较长足的应用，并不断有各种革新技术出现。而在运作层次上，各种物流系统如运输管理系统(TMS)、仓储管理系统(WMS)等都已经开始广泛的应用。