教育信息化在经过了一轮大规模的硬件投资之后，当前遇到无法提出新的建设重点、看不到与投资金额相匹配的应用效益等问题，教育信息化的作用遭到了前所未有的质疑；教育信息化投入在经历几年的高速增长后，有明显放缓的趋势，经济发达地区经过初期大规模基础设施建设和大批量采购后，由于缺乏应用的亮点，需求缺乏，没有可持续发展的动力，基本上停止了大规模的投入。当前教育信息化发展已经进入到深水区，进入到一个高原期，一个发展和应用相对缓慢和集中反思的时期，在推进教育信息化的过程中，一些深层次的、结构性的问题逐步凸显，成为制约教育信息化发展的瓶颈。
教育管理信息化的深层次发展必然会影响到教育组织结构的变革。单从技术上来看，信息化无疑应该提高教育组织的工作效率与效能，但事实上大规模实施教育信息化几年以来，无论是从教育管理现代化还是从教学现代化来看，并未取得应有显著的效果。其根本原因是教育信息化与教育组织之间的关系比较复杂，同时受到环境、组织结构、工作流程、权力分配、组织文化等诸多方面的制约与影响。不少单位在推进教育管理信息化的过程中，出现了过多地倚重于软件应用系统，忽视整体应用软环境的建设、管理制度的调整和相关人员的培训，特别是现行行政体制与现代教育管理制度冲突的问题，导致了教育管理信息化相关系统已经部署，但应用仍然处于最简单的层次，没有能够达到预期的效果。