仅仅战略设计上的全局观，并不能保证集团协同效应的实现，战略实施中的职能管控才是真正有力的保障。
    所谓职能管控，就是母公司在经营计划、预算、资金、审计、人力资源、信息甚至研发、营销、采购等重要职能上对母子公司双方设定活动范围和游戏规则，也就是确定母子公司的职能系统权限划分，这种权限划分的界面就体现了母公司对子公司管控的深度和强度。这种管控的程度依据子公司的业务性质、子公司经营管理能力等诸多因素而不同。但共同点是，只有有效地进行职能管控，才能使集团战略落到实处，实现战略协同。
（1）经营计划：母公司与子公司经过来回几次的沟通，确定子公司的经营计划，并基于此与子公司负责人签订经营责任书，经营责任书上写明了母公司对这个子公司最看重的指标及其目标值。有了经营责任书，在市场没有发生剧烈变化时，母公司可以认为在子公司的正确执行下，母公司的意志可以被实现；
（2）财务：主要是预算和资金两方面。通过预算的控制，母公司可以避免某子公司不适当地占有过多资源，从而可以在集团内把资本进行价值最大化的分配。在资金的管理上有多种方式，但母公司总要确保自身有充分的资金调度权来保证整个集团系统的协调运作。至于防范子公司不适当的资金运作所引起的财务风险，母公司需要始终保持警惕。
（3）审计：母公司事前制定的规则，一来可能不被子公司有力执行，二来可能这些规则本身也不完善。这时，审计就是发现这两类问题的必要手段，是及时的纠偏工具。这种定期或不定期的强制性检查对子公司的经营管理行为有很强的约束力；
（4）人力资源：母公司对子公司施加影响有两个途径，一是在建章建制上通过指导、审核和监督使子公司符合母公司需要的规范，二是通过向子公司外派一些关键人员来传递和执行母公司的意志。这些人员包括股权代表、董事、监事、财务负责人等，当然，母公司会根据具体情况选派而不必全派。而且，母公司可以定期轮换这些外派人员来避免风险。
（5）信息：通常，母公司担心出现的风险都是源于母子公司之间信息的不透明或者不能及时透明。因此，在集团内建立通畅的信息沟通渠道就显得尤为重要。这不仅仅是个IT管理平台的问题，关键是要建立一种信息及时报告的机制，尤其是重大信息要立即报告的硬性规定。这个信息报告体系的正常运转首先要引起子公司管理层的真正重视，对相关责任部门和责任人要有明确的对应考核指标。
（6）具体业务：在实践中，母公司对子公司管控的广度和深度各有不同。除了上述的辅助职能管控外，有些母公司会对子公司的研发、采购或营销等具体业务进行直接监控。比如，以相关技术为核心竞争力的集团通常会制定研发战略，母公司需要确保各子公司的研发对集团是有价值的、是能够在规定期限内完成的，而且要避免无谓的研发资源浪费。在有些集团，各子公司有大量相同或类似的物料采购，这时母公司很可能需要将这些采购统一起来以降低成本，或者通过建立比价库的形式来统一规范各子公司的采购行为，同时在母公司设立专门的监控部门或岗位。如果与集团主营业务关联度较大的几个子公司业务量比重很大，母公司很可能除了通过营销政策上进行约束外，还会设立专门的部门或岗位对子公司的关键销售环节进行事前审核和事后检查。
存在一种担心，说子公司的法人治理从法律上会限制母公司对子公司的管理，不过在实际操作中可以通过这样的方式来巧妙规避法理上的约束：子公司与母公司签订“管理委托协议”，承诺母公司的职能管辖权。这种做法可以配合修改子公司章程来进行，毕竟，新公司法给公司章程留下了更充分的灵活空间。

    不过，管控是有两面性的。子公司毕竟处在市场的第一线，与母公司的认识总是有差异的，而且子公司或多或少总是想实现自己的意志，这就要求母公司也保持一种学习的心态，在这场一直持续下去的博弈中不断调整来追求管控的合适度，只有做到了这一点，集团的战略协同才可以达到。