建武六年（公元30年）下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。

　　出身皇族世家的刘秀，从小接受儒学教育，在征战时就重视儒学。每到一处就征集古代典籍，并且拜访当地著名的儒学人物，请他们当官或者封赏他们。光武帝以儒学方略治理天下，每天处理完政务后，还和很多他们彻夜畅谈儒学经典，秉烛诵读，夜深不寐。有时还亲自主持有关文学的辩论。自称乐此不疲。

　　建国后，在洛阳修建太学，设立五经博士，恢复西汉时期的十四博士之学。还常到太学巡视和学生交谈。在他的提倡下，许多郡县都兴办学校，民间也出现很多私学。

　　光武继承了西汉时期独尊儒术的传统，东汉建立后，即兴建太学，设置博士，各以家法传授诸经。光武巡幸鲁地时，曾遣大司空祭祀孔子，后来又封孔子后裔孔志为褒成侯，用以表示尊孔崇儒。特别是对儒家今文学派制造的谶纬迷信更是崇拜备至。同时，光武鉴于西汉末年一些官僚、名士醉心利禄，依附王莽，乃表彰气节，对于王莽代汉时期隐居不仕的官僚、名士加以表彰、礼聘，表扬他们忠于汉室、不仕二姓的“高风亮节”，颁布诏书，明告天下，广泛寻访隐居的学者，提拔渊博的儒士，如逢萌，周党，王霸，严光等，史称”光武侧席幽人，求之若不及，旌帛蒲车之所征贲，相望于岩中矣。”“举逸民天下归心“。后来东汉末年“党锢之祸”时涌现了许多如李膺、陈蕃、范滂这样蹈仁践义、视死如归、风雨如晦、鸡鸣不已的刚烈士大夫。东汉末年，对高士的欣慕往往胜过王公贵族，可以说与这种对气节的倡导有关。