徐霞客很重视标本的研究价值，他在武当山等地目险采集了榔梅;在尚山采集了当地一种形似菊花的特产—金莲花;在五台山采集了天茶花等珍稀名贵植物;在玛瑙山上采集了“石树”;在蝴蝶泉边采集了花树的枝叶。

　　徐霞客对科学研究有着无所畏惧的精神。他喜欢猎奇，可以说是到“闻奇必探，见险必截”。每每遇到古洞、名刹、温泉、匕瀑、奇峰、深林、幽皇等奇异景观，他都把安危置之度外，只求一览“庐山真面日”。他在自己的记录中说:“旦古人迹未到之处，小惜捐躯命，多力一竭虑以赴之，期于必造其域，必穷其奥而后比。”他在云南腾越为了把一个岩洞看个明自，冒死攀登上悬崖;在湖南茶陵时，独闯传说中神秘的麻叶洞;在广西融县真仙岩，徐霞客为了探索一个时洞，竟从一条横卧的巨蟒身上跨过，进到洞内。他还经常和鬼神迷信做斗争一，云南地力一上有一本《鸡山志略》，书中记载了五台山、峨眉山和鸡足山等地的“放光瑞影”现象，这种五彩光圈通常被社会上认为是“佛光”或“‘宝光”。徐霞客则从地形环境的角度，解释了出现这种自然现象的原因，驳斥了迁腐的迷信说教，这也表现了他的唯物主义自然观。

　　他经30年考察撰成的60万字《徐霞客游记》，开辟了地理学上系统观察自然、描述自然的新方向；既是系统考察祖国地貌地质的地理名着，又是描绘华夏风景资源的旅游巨篇，还是文字优美的文学佳作，在国内外具有深远的影响。近年，世人视徐霞客为游圣。