其一，主体异化。在前述农村基本经营制度内涵的理论解释中暗含着一个假设前提，即在这个制度下的农民是以种田为事业追求、热爱社区、关心集体的“良民”。可现实是，随着市场化的深入和城市化的加速，农民兼业化现象十分普遍，家庭经营收入已经不是农户主要收入来源；大量农民进城务工，且新生代农民工根本不具备务农经验和技术，也不再认同自己的农民身份；“农民兼业化”、“村庄空心化”、“农户空巢化”是中国农村绝大多数地区的真实写照。一句话，“农民已经不像农民”了。在这种情况下，留守农民不再以农业为事业追求，外出务工农民基本脱离了农村社区；农民离散化程度大大提高了，农民组织化的成本不断增大，组织农民成了一件困难的事，许多地方的农村基层政权组织演化为“维持会”。农民组织不起来，统一经营就难以实现，双层经营就自然向单层经营异化。

　　其二，组织异化。在前述农村基本经营制度内涵的理论解释中还暗含着另一个假设前提，那就是农村集体经济组织是真实存在的，并且能有效地发挥其功能。可现实并不是这样。传统意义上的农村集体经济组织主要是指脱胎于人民公社制下的生产大队、生产小队那种农村基层经济组织，这种组织的绝大多数在大包干后或名存实亡，或趋于解体；不得已，在实行村民自治后，绝大多数地区都以村委会代行农村集体经济组织职能；可作为村民自治组织的村委会并非经济组织，也不具备法人资格。名不正言不顺。这么一来，农村土地所有者到底是谁？落不到实处；农村土地所有权自然虚置了，农户的土地承包经营权就膨胀起来。由此来看，农村土地公有异化为变相的土地私有也就很不奇怪了。

　　其三，机制异化。大包干之初，农村基本经营制度是以“家庭联产承包责任制”为基础的，农民对其内涵的直白表达是“缴够国家的，留足集体的，剩下都是自己的”，这种表达很清楚地说明了农户与国家、农村集体经济组织之间的利益联结机制，那就是农户要向国家和农村集体经济组织交税、交费，反过来，国家和农村集体经济组织也有义务向农户提供支持与服务；它们之间有明确的交换关系。可是，这种机制在经过两次异化后消于无形。第一次是国家通过税费改革和取消农业税，割断了农户与国家、农村集体经济组织的经济纽带，“家庭联产承包责任制”演化为“家庭承包经营制”。第二次是国家颁布了《物权法》，将农民的土地承包经营权界定为用益物权，从法律上彻底否定了农村集体经济组织与农户之间的债权债务关系，“家庭承包经营”进一步异化为单纯的“家庭经营”。农户不再向农村集体经济组织交费了，农村集体经济组织当然也就既无义务也无能力向农户提供支持和服务，农村集体经济组织成了“空壳”，统一经营由此化为乌有。除了极少数地方外，中国农村的绝大多数地方都走的是这条演化之路。