由于资金和人才的匮乏及其自身面临的合法化困境，农村民间组织自身的组织建设还很不规范，缺乏规范的章程对其成员进行有效的约束，成员行为的随意性较大，进入与退出也缺乏规范，组织比较松散，在关乎切身利益的事情上有时也难以形成集体行动。大多数农村民间组织缺乏固定的活动场所，也没有专职的工作人员。组织内部缺乏民主管理的问题也非常普遍，组织的负责人多是指定的，选举只是履行一定的程序，理事会形同虚设，许多理事既不参与日常管理，也不参与重大决策，只有服从。就算是经正式程序建立的民间组织，由于多数村民文化素质较低、法律意识淡薄、组织能力较差等问题长期存在，一些基本的组织内部章程和守则细则、议事制度、工作人员奖惩机制和财务制度缺乏规范，无章可循，管理混乱。

　　农村民间组织发展之初就被认为是培育农村公民社会的重要载体和发展基层民主、村民自治的内源性组织资源。而农村面临的种种现实环境也渴望民间组织能擎起维护农民权益、供给农村公共产品和公共服务、对村庄进行有效治理的大任。但农村民间组织在资金和人才以及自身组织建设方面面临的问题致使农村民间组织心有余而力不足。这构成了农村民间组织发展困境之一。