随着近代学科体制的建立，在中国传统文化中本来居于中心位置的经学消亡了。光绪三十年(1904年)，科举最后一次考试，此后近代学科取代了经学的霸主地位。代表中国近代大学最早创立的京师大学堂，其课程分为一般科目与专门科目，一般科目中有经学、理学、诸子学等，一般科目为必修课。1902年设立预科，经学仍为教学重要内容。1909年成立分科大学，设有经科(包括毛诗门、周礼门、左传门)。经学从一尊降而和文、工、商、农、法政、格致诸科等齐。辛亥革命胜利后，民国临时政府废止尊孔读经，1912年10月，教育部颁布《大学令》，大学分七科(文、理、法、商、医、农、工)，取消了经学科。1916年12月26日，蔡元培任北大校长后采取了系列改革，废门改系，1919年，北大设立哲学、中文、史学等14个系，真正意义上建立了现代学科体系，对中国近代大学制度产生了深远影响。在这一体系中，没有了经学的位置。