司马迁在20多岁后就侍从汉武帝多次出游，并曾丰诏参与“太初历”的制定等，还曾以皇帝特使身份奉使西征巴蜀以南，说明他与汉武帝关系密切，而与董仲舒又有师生之谊，因而对于汉武帝和董仲舒之间发生的事，尤其是像被后世誉为“开此后两千余年封建社会以儒学为正统之先河”的，所谓“汉武帝采纳董仲舒‘罢黜百家独尊儒术’”之说，这样一桩大事，却在《史记》关于汉武帝和董仲舒的纪、传中一点儿也未曾提及，的确让人不解，生疑。况且司马迁又是在年富力强、精力充沛的中年（42）时开始著述《史记》，对于当朝发生的大事，是决不会疏漏的！况且，对于曾经教诲自己的老师，当时名声显赫的董仲舒，司马迁当应格外关心和了解，像老师向汉武帝进言《三策》这样的事，他是不知道还是知道而未记，都让人费解！通过《史记?儒林列传》与《汉书?董仲舒传》相比较，认为司马迁关于董仲舒生平的记载比较符合情理:

　　“董仲舒，广川人也。以治春秋，孝景时为博士。下帷讲诵，弟子传以久次相受业，或莫见其面，盖三年董仲舒不观于舍园，其精如此。进退容止，非礼不行，学士皆师尊之。今上即位，为江都相。以春秋灾异之变推阴阳所以错行，故求雨闭诸阳，纵诸阴，其止雨反是。行之一国，未尝不得所欲。中废为中大夫，居舍，着灾异之记。是时辽东高庙灾，主父偃疾之，取其书奏之天子。天子召诸生示其书，有刺讥。董仲舒弟子吕步舒不知其师书，以为下愚。于是下董仲舒吏，当死，诏赦之。于是董仲舒竟不敢复言灾异。

　　董仲舒为人廉直。是时方外攘四夷，公孙弘治春秋不如董仲舒，而弘希世用事，位至公卿。董仲舒以弘为从谀。弘疾之，乃言上曰:‘独董仲舒可使相缪西王。’胶西王素闻董仲舒有行，亦善待之。董仲舒恐久获罪，疾免居家。至卒，终不治产业，以修学著书为事。故汉兴至于五世之闲，唯董仲舒名为明于春秋，其传公羊氏也。”