建国以来，我国培育并推广的农作物新品种有6000多个，粮、棉等主要作物品种在全国范围内更换了5至6次。优良品种改良、重大栽培技术和病虫害综合防治等一大批成果的推广运用，支撑粮食单产由1949年的每亩68千克提高到2005年的310千克，粮食总产量从1亿吨增加到4.8亿吨，农业科技进步贡献率达48%。但从总体看，科技投入不足，农业自主创新能力薄弱，农业劳动生产率低，与农业发达国家差距明显。
（一）科技投入不足，自主创新能力不强
我国整体R&D投入占GDP的比重从1978年的1.45%降到2005年的0.73%，而发达国家至少保持在2%，美国自20世纪80年代以来一直在2.5%以上。我国农业科研经费只占农业总产值的0.44%，发达国家农业科研经费占农业GDP的平均水平已达3.29%，发展中国家的平均水平也达到了1.04%。投入不足限制了农业自主创新能力，原始创新和关键技术成果明显不足，养殖业、加丁业等重点领域技术成果严重缺乏，科技的支撑作用未体现出来。
（二）科技成果转化与推广薄弱
我国户均耕地仅049公顷，生产规模小使农户对农业科技的需求不强。农技推广以政府为主导，科研与生产脱节，重科研、轻推广，科技成果转化率低。我国每年取得大约6000项农业科技成果，近三分之二滞留在实验室。农技推广投资的91%来自地方政府，农技推广投资强度（农技推广投资占国内农业生产总值的比例）20世纪90年代徘徊在0.42%，目前达到0.49%，还不足工业化国家20世纪70年代的水平。
（三）农业机械化水平偏低
目前我国农业耕种收综合机械化水平约40%，刚刚进入农业机械化中级阶段。2006年，全国机耕、机播、机收水平仅分别为58.5%、32%和25.1%，第一大作物水稻机械种植水平还不到10%，第二大作物玉米机收还处于起步阶段，全国玉米机收水平不到5%，多数省市目前还是空白。农村每户拥有农业机械原值为1300元，远落后于欧美、日韩等国家。
（四）农业劳动生产率低
我国农业劳动生产率为世界平均水平的39%。目前，我国每个农业劳动力年生产的农产品仅能养活3～4人，1998年以色列为91人，2000年美国为128人。从劳均谷物产量来看，1998年我国每个农业劳动力年均谷物生产量1194千克，只相当于世界平均水平的70%，日本的1／3、法国的1／39、美国的1／84、加拿大的1／111。
（五）粮食单产还有提高空间
我国粮食每公顷产量，目前虽已超过世界平均水平，但与单产水平高的国家相比，仍有差距。我国粮食单产水平最高是4620千克／公顷，这与荷兰的7743千克／公顷、法国的6531千克／公顷、英国的6372千克／公顷，仍有35%以上的差距。如果我们普及良种、测土配方施肥、加强病虫害防治、注重农田水利建设、加强中低产田改造等，提高单产仍可大有作为。
（六）农业劳动力素质与发达国家差距很大
当前，我国农村中农民平均受教育年限不足7年，4.8亿农村劳动力中，小学文化程度和文盲半文盲占40.31%，初中文化程度占48.07%，高中以上文化程度仅占11.62%，大专以上只有0.5%。随着农村劳动力的外出务工，农业从业者的低素质特征更加明显。20世纪80年代末，世界农业劳动力平均受教育的程度已达11年，发达国家的美、法、德、英、日分别达到18.04年、15.96年、12.17年、14.09年和11.87年。
（七）农产品市场建设和物流落后
现代农业以市场为导向，物流、流通和市场建设非常重要。我国农产品物流信息网络设施不健全，运输设备和技术滞后，装卸搬运机械化水平低，特种仓库比如低温库、冷藏库、立体库等短缺，市场交易手段落后，效率低。