农药生产废水具有有机物浓度高， 毒性大， 污染物成分复杂， 难生物降解物质多， 水质、水量常有波动等特点。农药生产废水的排放， 直接造成环境总磷、氨氮等超标， 使水体富营养化， 藻类植物大量繁殖。另外有些含高毒农药及酚、氰等化合物的废水排放， 对地下水及地表水造成污染， 破坏环境， 影响人类健康。国内农药废水的治理始于上世纪六七十年代，80 年代后逐步展开。目前农药废水的处理技术概括可分为物化法、化学法和生化法等。
农药废水处理技术多种多样， 各有其优缺点， 但由于水中有机污染物呈现复杂多样的特点， 仅采用单一的处理工艺很难达到预期目的。在实际处理废水时， 通过综合考虑技术特点与具体水质情况， 常常采用几种方法联用， 取长补短， 可以极大提高废水的处理效率。从目前看， 超声波技术、超临界水氧化、电极生物膜法、高效降解菌以及酶促降解法是农药废水处理技术的发展趋势， 有待于人们进一步研究探索， 使之尽快工业化和产业
化。但是反过来说， 农药废水的治理毕竟还只是一种被动的环境保护手段， 不能从根本上解决环境和生产之间的矛盾， 所以在农药开发及生产过程中，尽量采用清洁的原辅材料和能源， 尽量采用无废或少废的生产工艺， 从污染源头削减产污量， 使“三废”消除在生产过程中； 另外， 条件成熟时， 也可以考虑建立化工园区， 统筹规划， 合理布局， 降低能耗， 最大限度地利用资源， 将废水引入最经济合理的工艺流程， 变废为宝， 达到效益最大化的目的， 最终实现环境、经济、效益的统一。