为保证修复效果，修复剂的用量一般远高于土壤改良剂（如肥料）的施用量，因此有关钝化修复剂对土壤质地、团聚体、理化性质、呼吸强度、酶活性及微生物群落结构多样性等存在的潜在影响必须要考虑；此外，对于使用某些工业废弃物作为钝化剂，如赤泥、粉煤灰、城市固体废弃物等本身可能含有一定量的有害成分，过量施用会将这些有害元素带入土壤，造成二次污染。化学物质过量施用也会引起土壤理化性质的明显变化，进而影响土壤生物活性、作物所需营养的供应。如可溶性磷酸盐会降低土壤 pH，增加了土壤中其它未关注金属的淋溶可能性，石灰会提高土壤 pH，可能影响微量营养元素的吸收。化学修复剂联合有机物质，可缓冲化学物质引起的土壤pH 变化，有机物质与化学固定剂形成的复合物在一定程度上起到防止有机物迅速降解的作用，有望弥补有机物分解可能带来的环境风险。

  修复效果稳定性，钝化修复只改变了重金属在土壤中的赋存形态，总量没有变化。目前，对修复效果的评价主要依赖于作物生育期内土壤重金属形态变化、作物重金属吸收量等短期效应指标，但土壤 pH、Eh、有机质等的改变会引起被固定金属的重新释放。

  此外，钝化剂在田间土壤中的长期稳定性是影响污染土壤修复效果的关键因素，钝化剂在土壤中的地化转变会导致重金属的重新活化和作物吸收量的增加。因此，需要大量的长期田间定位试验来评价修复效果的稳定性。