制药废水中难降解有机物含量多，这些难降解污染物排入水体后，长时间残留在水体中，且大多具有较强的毒性和“三致”作用，并通过食物链积累、富集，最终进入人体产生毒性。由于难降解有机物具有上述特点，因此其对环境的污染是全球性的。例如非洲施用的农药可以在美洲出现，甚至在人迹罕至的南极也能找到。可见，难降解有机物对人体健康和生态环境的影响是极其严重的。
制药工业相对于其它产业，具有原料成分复杂、生产过程多样、产品种类繁多等特点。制药过程中产生的废水污染物含量高、可生化降解性差、水质水量变化大，是较难处理的工业废水之一。制药工业污染物排放标准体系由 6 个分标准组成，即发酵类、化学合成类、提取类、中药类、生物工程类和混装制剂类。
发酵类制药废水来源于发酵、过滤、萃取结晶，提炼、精制等过程。主要污染指标是 pH、色度、BOD 5 、COD，SS、动植物油、氨氮和 TOC 含量，急性毒性，总锌含量和总氰化物含量等。成分复杂，碳氮比失调，可生化性较差，并含有大量硫酸盐、药物效价及其降解物等生化抑制物。主要处理方法为物化法、生化法以及多种方法的组合工艺，如混凝 - 水解酸化 -循环活性污泥系统（CASS）工艺。化学合成类制药废水是用化学合成方法生产药物和制药中间体时产生的废水。主要污染指标为 pH、色度、SS 含量、BOD 5 、COD，动植物油、氨氮和 TOC含量，急性毒性，总镉、总汞、总铅含量等金属类毒性无机物，以及苯、乙醇、氯仿等有机溶剂含量。水质水量变化大，pH 变化大，污染物种类多，成分复杂，可生化性差，含有难降解物质和有抑菌作用的抗生素，有毒性、色度高。主要处理方法为活性污泥法，通常包括普通活性污泥法、深井曝气法、生物流化床和生物接触氧化法等，目前新兴复合式生物反应器。