酵母菌的脱色以吸附脱色为主，可以利用活细胞或者死细胞。细胞状态的选取与目的有关，若染料种类复杂，要进行广泛脱色，则要选取酵母死细胞，因为死细胞的脱色完全是因为吸附作用，没有选择专一性；若是对某一种或几种结构相近的染料进行脱色，则要选择特定的活酵母菌。酵母菌经过提取改造后，会具有反复利用的可能性，这对于染料废水的处理无疑是一种极佳的材料。啤酒酵母细胞在液体环境下经过高氯酸磁化后用于染料的吸附脱色，能有效的吸附各种废水染料，对于苯胺蓝的吸附效果最佳，并且经过利用后可以使用磁处理方法回收酵母。这一方法为工业生产提供了条件，也展现出酵母菌的脱色应用前景。除了吸附脱色，酵母菌同样也可以分泌胞外酶降解染料。这就要求采用活细胞进行研究，并且酵母的降解脱色还要在有氧甚至是富氧环境下才能有效进行。Debaryomyces polymorphus在富氧环境下要比一般环境的脱色效率高出很多，尤其是对于RB5（抗性黑5）等染料，在RB5 的刺激下可产生锰过氧化物酶，脱色速率较一般的白腐菌要高，但是不能完全以废水为营养来源，需要加入外来碳源，这同其它一些菌类一样，限制了酵母菌的应用。对于RB5 染料，另一种天然分离的酵母菌Candida oleophila与Debaryomyces polymorphus 有相似的脱色作用机理，它们与以往的酵母脱色研究（脱色主要与生物量有关）不同，而是与酶量关系较大，因为其脱色主要是因为未经确认鉴定的酶降解作用，还有另外几种酵母菌和它们有类似的脱色机理（均未被确认）。酵母菌脱色方面的能力与机理在一定程度上还没有完全弄清，还需要开展进一步的研究，但是酵母菌的脱色能力却是不可否认，它在染料废水脱色方面的应用将会随着研究的加深更为广泛。