1 微生物对原油组分的降解具有一定的选择性，而现有的大多数固定化技术都只是将某种单一功能强的微生物进行固定化处理。在实际中，通常所需处理体系的成分复杂，单一的微生物处理很难达到理想效果，因此还需尝试将多种相互促进的菌种混合固定化，以实现最大的降解。对于同类型的油类物质污染，应有针对性地选择适合
的微生物，从而构建复合菌群来提高降解效果。
2 目前所用的载体材料成本高且寿命短，限制了该技术在实际中的应用。因此，寻求新型的低成本、环境友好型载体或对现有载体进行改良来获得综合性能优良的固定化载体，是将固定化技术实现工业化的一个最基本的问题。
3 经过固定化的微生物其反应特性可能发生变化，主要包括微生物稳定性或活性的变化、氧和底物传质速率的变化，因此还需深入研究固定化微生物制备的影响因素以及固定化微生物降解油类物质的作用机理。
4 开发固定化微生物的制备装置以及相应的处理工艺，最终实现固定化微生物技术的工程应用。
5 将固定化技术工业化的关键是提高固定化颗粒的抗冲击性，另外各种载体的可再生性是降低成本、提高经济效益的有效途径，有待进一步研究。