化学制药废水包括母液类废水、冲洗废水、回收残液、辅助过程排水及生活污水。与生物制药废水相比，化学制药废水的产生量较小，并且污染物明确，种类也相对较少。但其COD 浓度可高达几十万毫克每升，含盐量也较高，pH 变化较大，某些原料或产物具生物毒性。而且其废水成分单一，营养源不足，培养微生物困难。

郑炜等]针对头孢中间体生产企业，采用接触氧化-水解-MBR 处理头孢类抗生素化学合成废水。设计水量为350 m3·d-1，进水COD 浓度为2125~11561 mg/L。出水COD 浓度为79~282mg/L，出水BOD5 低于10 mg/L，满足该工业园区污水纳管标准(COD≤300 mg·L-1，BOD5≤100 mg/L)。刘婧等报导了潍坊某制药厂采用混凝-接触氧化-MBR组合工艺处理赖诺普利依那普利制药废水，设计水量为500 m3·d-1，进水COD 的平均浓度为3000 mg/L。在三个月的调试过程中，出水COD 的平均浓度小于45 mg/L，平均去除率达到93 %，出水水质达到排放标准。该工程运行费用为1.06 元·m-3，可回收利用污水18.25 万t·a-1。