制药生产中的废水处理问题在当前的环境污染处理中属于重要的污染源，但是我国的制药行业依旧出现生产品种较多、企业数量稀少等状态，在生产中面临着原材料投入大、污染问题显著、回收差等严峻问题。因此，对制药废水的污染处理刻不容缓。自废水污染的排放标准实施以来，对其中的制药生产环节有了进一步规范，对中药类制药、化学合成制药、发酵类制药等都有了更加明确的规定，并将制药行业的环保工作与企业发展紧密联合，最终将制药废水对环境的影响降至最低。
针对制药废水的水质特征，普遍在生产中使用废水的厌氧处理影响抑制处理—厌氧处理—好氧处理—废水深度处理，在这个处理过程进行废水的抑处理，进而将其减弱至生化抑制的浓度之下，增强废水生化性，在好氧生化与厌氧抑制后进行深度的措施处理，达到废水的排放标准。若是要想保证企业在制药废水方面的治理问题，就要结合工程设计、方案制定、运行实施等环节，对废水的处理特征进行参考，从而找出对废水工艺的综合处理方式。另外，当前企业节水目标越来越高、水资源缺少的环境下，依照当前的制药废水污染治理要求，应对水污染物的排放指标进一步缩小，进而使其排放限值得到减轻。