针对制药生产废水污的水质特征，多年来人们普遍采用:“消除废水生化抑制影响预处理－ 厌氧生化( 包括厌氧水解或厌氧消化) － 好氧生化—废水深度处理”的工艺途径。废水首先进行生化抑制影响预处理，将其毒性控制在生化抑制浓度以下，以提高废水的可生化性，然后再通过厌氧生化和好氧生化以及后续的深度处理措施实现废水的达标排放。由于制药生产废水组分复杂、可生化性差，不同品种药物的生产废水特性有较大的区别。因此，很难保证制药企业的废水污染治理在方案制定、工程设计、实施运行等过程，能针对其特定产品废水的特点，确立优化的组合工艺及其过程参数。从而造成技术选择不合理、工艺设计参数选用不科学，废水处理设施不能保证长期、稳定达标排放。
此外，随着近年来水资源的匮乏和企业节水指标的持续提高，单位产品用水量的不断减少，导致企业综合废水的污染物浓度在大幅度提高。随着环保排放标准不断细化和加严，制药工
业废水达标治理的难度在不断加大。按照新颁布的制药工业水污染标准要求，制药工业的水污染物排放限值进一步降低，现行的废水治理设施及其治理工艺已不能满足行业减排和水污染物控制新标准的要求。