高浓度有机废水处理：高浓度有机废水主要包括畜产废水及其它一些食品加工厂废水，此类废水虽然其BOD较高但一般不宜采用直接生化法处理，在生化处理之前一般加絮凝等预处理过程。大量实验研究了微生物絮凝剂在此类废水处理中的应用。文献用微生物絮凝
剂加Ca 处理畜产废水发现其浊度去除率达94．5％ ，同时TOC也有显著降低，不但处理效果优于合成高分子絮凝剂，而且不存在二次污染。孟琴等用自制的微生物絮凝剂处理蛋白质溶液和果汁原汁，也发现其处理效果明显优于阳离子聚丙烯酰胺。沈荣辉通过用微生物絮凝剂和SPA对味精废水预处理后指出：微生物絮凝剂比SPA 的絮凝效果更好，还指出如果同时将微生物絮凝剂和少量SPA混合后，对味精废水的预处理效果可进一步提高，且药剂的总投加量明显减少。
  高浓度无机物悬浮废水的处理：高浓度无机悬浮废水是一类不可生化降解的废水，传统工艺一般采用化学絮凝及处理法。文献中指出微生物絮凝剂也可用于高岭土、泥水浆、粉煤灰等水样处理中，在试验中通过用微生物絮凝及处理陶瓷厂废水，釉药废水和坯体废水OD66o和浊度去除率高达96．6％。文献引用微生物絮凝及处理高浊无机废水时指出，其沉降率是阳离子聚丙烯酰胺的2．5倍，是阴离子聚丙烯酰胺的4倍。
活性污泥：活性污泥的收集和处理是水处理工程中令人头痛的问题，活性污泥处理系统的效率常因污泥的沉降性能变差而降低，在活性污泥中加入微生物絮凝剂时，可使污泥容积指数能很快下降，防止污泥解絮，消除污泥膨胀状态，从而恢复活性污泥沉降能力，提高整个处理系统的效率。文献由红平红球菌制得的微生物絮凝剂NOC一1加入已发生膨胀的活性污泥中，可是污泥的SVI从290降到5O。