从污染物的性质和其去除机制看，膜的清洗方法可以分为物理清洗、化学清洗和生物清洗（酶制剂等）。实践中，应当根据污染物的性质来选择合适曝气、水力反冲、超声波清洗等物理清洗方法就可得到很好的清洗效果。对于一些较难清除的污染物可采用酸、碱或氧化剂等化学清洗方法；利用酶制剂、微生物制剂、生物表面面活性剂等对膜进行生物清洗是未来膜清洗技术的发展方向之一。Baker指出酶制剂能够有效地切断蛋白质和有机污染物的分子链，并且不会破坏膜的微孔结构和膜表面的润湿性；此外酶是一种环境友好的清洗剂，不会给工艺流程带来二次污染；Poel]发现蛋白水解酶对胞外聚合物引起的吸附性污染的清洗效果最为显著，能够百分之百恢复膜的透率。用微生物清洗有机物污染的反渗透膜是一种有效的新方法。曹占平利用硫酸盐还原菌（SRB）的作用将沉积在膜表面的有机垢进行降解。试验表明，接种厌氧菌10 CFU·mL-1，温度保持在30 ℃，浸泡80 h，可有效地去除有机垢的污染，膜的性能没有变化。由此可见，对不同的污染物应选择不同的清洗方法，必要时可采用联合清洗的方式，以达到最佳清洗效果。