MBR 系统在临界通量以下，低压恒通量并采用错流及间歇操作可以有效的减缓膜污染。在运行过程中好氧膜生物反应器可以通过曝气及CVF 曝气来有效的控制膜污染现象。

　　1 膜通量和操作压力的控制MBR 中普遍采用的一个措施就是控制膜通量低于膜临界通量或可持续通量运行。王志伟等通过对小试规模的浸没式MBR（SMBR）恒流和恒压两种操作方式的短期以及长期实际运行研究，发现次临界区恒流操作和经济操作压力TMP 以下的恒压操作有利于MBR 的长期稳定运行。

　　2 曝气量的控制膜通量和膜阻力与膜面气液流的剪切力有很大的关系，在一定范围内膜通量会随着曝气量的增加而增加，当曝气量达到一个阈值时膜通量会保持不变，继续增大曝气量膜通量反而会减小。这是因为过大的曝气量会打碎已经絮凝好的悬浮颗粒，使得悬浮颗粒粒径变小更容易堵塞膜孔。Johir 等[26]通过选取4种膜通量和3 种曝气量的实验对比，得出当曝气量一定时，随着膜通量的增加膜阻力增加的越快；当膜通量一定时随着曝气量的增加，膜阻力增加的越慢。

　　3 抽停时间和清洗周期间歇的抽吸也是控制膜污染的有效措施。系统停止抽吸后，跨膜的压差就会消失，膜面的沉积物会变得疏松，膜面污染物对外的反向扩散会加强。同时膜面流体冲刷更容易带走沉积物，膜污染也就减缓。

　　Zhang 等通过对一个直径为12mm 的管式膜连续操作135 d 不清洗的条件下，对膜的清洗周期和使用时间对膜污染的影响进行研究，结果表明膜的清洗周期和使用时间对膜的污染影响很小。停抽和清洗虽然能一定程度控制膜污染，但并不是越频繁越好。因为停抽和清洗周期会直接影响整个反应器的产水量，实际运行中应根据具体情况通过实验确定最佳周期。