膜清洗包括物理和化学清洗。物理清洗方法主要包括水力冲刷、膜面曝气冲刷、膜的反冲洗等。除了这些传统方法之外，超声波在线清洗方法可以有效地控制膜污染。这一方法已成功用于MBR 中。超声波具有十分特殊的性质，超声波所携带能量具有瞬间释放特征，称之为超声的“空化”现象，由于超声“空化”现象集中在固液界面上，因而对作用点及其周围产生极强的冲击，对附着在膜表面上的凝胶层及沉淀物产生强力的剥离作用。但是过高的超声波强度和作用时间会打散污泥絮体，影响污泥活性并损坏膜组件。因而选用合适的超声波强度和作用时间对于有效控制膜污染至关重要。当物理清洗无法把膜污染降到可接受水平时，就需要进行化学清洗。普遍使用的化学清洗剂包括NaClO、NaOH、HCl、柠檬酸等。化学清洗剂的选用需要针对污染物的特征。一般来说，氧化剂和碱类（如NaClO 和NaOH）用于清除生物和有机污染，酸性清洗剂用于去除金属有机污染化合物和无机垢，配位清洗剂如柠檬酸、EDTA 等因为其独特的配位能力用于去除包含金属离子污染物。联合使用几种清洗剂往往比单一清洗剂去除效果要强。需要指出的是，这些清洗剂一般都有一定的化学腐蚀性，因而会对膜造成一定程度的损害。基于这一考虑，最近，一些温和的、环境友好的清洗剂，如酶制剂和表面活性剂，开始被用于去除膜污染物质。有研究表明蛋白酶和脂肪酶以
用于清洗污染的超滤膜。PoeleS te 等采用了一种新的酶清洗方法，发现可以100%恢复超滤膜的通量。