利用微生物的生命活动来代谢废水中的有机物，从而达到净化目的。是目前制药废水广泛使用的处理技术，它包括好氧法、厌氧法及它们组合方法。

　　好氧法是在有氧条件下，利用好氧微生物（包括兼性微生物）的作用对污染物进行处理的方法。常用的好氧生物处理法有普通活性污泥法、深井曝气法、接触氧化法、序批式间歇活性污泥法（SBR）等。针对吉林市某制药厂水质水量变化剧烈、无排放规律、高COD等特点的废水，采用SBR废水处理工艺，COD去除率达83％以上。可有效地去除废水中的污染物。已实现好氧生物处理的还有活性污泥法处理小诺霉素发酵废水，在进水COD浓度低于2 000 mg／L时，COD去除率在85．4％一89．7％之间。但是由于制药废水是高浓度有机废水，好氧工艺进水时需对原废液进行10倍乃至百倍的稀释．清水、动力消耗很大，导致成本很高，实际废水处理率较低；另外需要不断补充氧，且产生较多的污泥，其处理成本较高，所以单独使用好氧处理的不多，一般需进行预处理。