制药工业废水按照污染物性质可分为有机制药工业废水和无机制药工业废水，按照污染物主要成分又可分为酸性、碱性、含汞废水等，如按加工对象分类，主要可分为中药制药废水、化药制药废水、生物制药废水等。
制药工业废水不论对人类还是环境都具有较大的危害，应引起我们足够的关注和重视。如废水中含有大量的重金属和有害化学物质，若未按照规定处理排放，人若误食，量少中毒，量多则致死，严重危害了人民的生命和健康。制药工业废水中污染物通常无法降解，废水处理不达标，排放到环境中将会不断蓄积，对土壤、水、大气都会造成一定的影响。加之制药废水中的各种酸、碱，鞣质，及蒽醌类成分，对于土壤的危害是非常明显的，造成土壤过于酸、碱化，同时对植被的生长和地下水源也造成一定的影响。