行政公益诉讼制度的目的在于督促行政而非扩张司法权，因此，制度本身体现着司法权应持有的谦抑性以及对行政权优先的尊重。一直以来，行政公益诉讼都旨在通过司法权监督行政权，来促使行政机关依法履行职责，从而保护国家公益以及社会公共利益不受侵害。与传统普通行政诉讼被动指向于个案救济不同的是，行政公益诉讼原告主张的诉求必须指向的是不特定主体的公共利益而非某个特定个人或某个特定集团的利益。对于行政公益诉讼案件，在审查原则上应与一般行政诉讼案件同样遵循合法性审查原则。这一原则体现了对行政机关职权的尊重，且有利于在处理案件方面行政资源和司法资源的优化配置，避免司法权对行政权的过度干预，充分保障行政权的行使空间。

从法治政府建设而言，行政公益诉讼具有着重要的意义。法治政府建设的核心是依法行政，而行政公益诉讼能够很好的拓宽法治政府建设中司法监督的路径，强化司法监督的力度。行政公益诉讼制度使得检察机关可以针对行政机关违法行使职权或不作为引起的危害公共利益的案件发出检察建议和提起公益诉讼，其法律监督职能由此获得了延伸。法治政府应当是责任政府，政府需做到“有权必有责，用权受监督，违法要追究”，而行政公益诉讼制度的确立有效地填补了原有追责机制所存在的空白地带。

在行政公益诉讼中，检察机关得以以公益诉讼人的身份对此类导致公共利益受损的行政行为提起诉讼，那些违法的行政机关最终难逃法律的审判与制裁。同时，传统的追责机制往往着眼于行政机关违法行使职权的行为，从而放过了大量行政机关怠于履职的不作为行为，而行政公益诉讼正是对行政不作为所举起的一把利剑。