1、缺少被市场普遍接受的无风险收益率曲线。确定无风险收益率曲线最佳的方法，是根据关键点零息国债的市场收益率进行绘制。但是，国内债券市场没有中长期零息国债，而且国债交易不活跃，难以确定关键时点的公允债券价格，收益率曲线的日常编制难以获得稳定的价格来源，只能借助理论价进行拟合，影响收益率曲线编制的准确性。这个问题导致的困难在浮动利率债券基准利率选择、利率互换定价和债券远期定价中表现尤为突出。
2、缺少信用风险溢价的定价基准。我国基于企业信用的债券市场刚刚起步，对于信用风险定价既缺少历史违约概率的统计，也没有可供参照的相关市场价格，信用风险溢价的定价仍然处于摸索阶段。这个困难在企业短期融资券定价方面表现比较突出，由于面临无风险收益率基准和风险溢价基准双重缺失的困难，只能依靠内部资金转移价格和内部信贷评级的经验估算发行价格。
3、缺少校正定价偏差的有效机制。有效率的市场可以很快通过套利均衡机制校正价格偏差。但是，我国债券市场仍然存在诸多管制，套利机制很多时候由于管制原因和交易成本太高而无法发挥作用。
4、我国管制利率与市场利率双轨并存的局面对均衡定价产生了影响。在短期融资券市场发展过程中始终存在发行利率过高或过低的争论。主张发行利率过高的观点参照的是中央银行票据利率，认为短期融资券与中央银行票据的利差过大、信用风险溢价过高；主张发行利率过低的观点参照的是管制的贷款利率，认为融资券利率突破了贷款利率管制的下限。
2、缺少信用风险溢价的定价基准。我国基于企业信用的债券市场刚刚起步，对于信用风险定价既缺少历史违约概率的统计，也没有可供参照的相关市场价格，信用风险溢价的定价仍然处于摸索阶段。这个困难在企业短期融资券定价方面表现比较突出，由于面临无风险收益率基准和风险溢价基准双重缺失的困难，只能依靠内部资金转移价格和内部信贷评级的经验估算发行价格。
3、缺少校正定价偏差的有效机制。有效率的市场可以很快通过套利均衡机制校正价格偏差。但是，我国债券市场仍然存在诸多管制，套利机制很多时候由于管制原因和交易成本太高而无法发挥作用。
4、我国管制利率与市场利率双轨并存的局面对均衡定价产生了影响。在短期融资券市场发展过程中始终存在发行利率过高或过低的争论。主张发行利率过高的观点参照的是中央银行票据利率，认为短期融资券与中央银行票据的利差过大、信用风险溢价过高；主张发行利率过低的观点参照的是管制的贷款利率，认为融资券利率突破了贷款利率管制的下限。