清中期以后，以注重研习儒家经籍、讲究学术文化为特征的书院教育开始在青海地区兴起，成为青海地方教育的重要组成部分。清朝中叶先后，青海地区创建的书院有西宁的湟中书院、五峰书院和各县的三川书院、凤山书院、河阳书院、大雅书院、秦兴书院、龙支书院、海峰书院等。

　　青海地区的书院是由地方捐建官府补贴，自由研习学问、传道授业的教育组织。乾隆元年，大通卫首先创建三川书院。乾隆二十六年（1761年），碾伯知县何泽著创建凤山书院，旧称乐都书院，道光二十一年（1766年），时任知县将书院搬迁至碾伯镇东关，当时，凤山书院“建东西房各八间，屏门一座，讲堂三楹，北楼五间，北房三楹，南庭三楹，东西两廊各四间，东偏院一处。”乾隆五十年（1785年），西宁知府冷文炜在杨应琚所置博文、约礼两个书斋的基础上，辟古南寺旧址创建湟中书院，建成的书院“讲课之所、诵读之舍、宾客之位、游息之区，无不具备”，“严严翼翼，规模宏耀”。道光年间，湟中书院“风飘雨穿，鸟鼠颠复，不堪聚诵读，事将废矣”。此时，西宁知县郭公祖便重新筹集资金维修，这样以来，湟中书院“严严翼翼，规模较为整齐”。光绪三十一年（1905年），改称县第一中级小学，1950年，更名为西宁市第二完全小学，1954年，改为南大街小学至今。道光九年（1830年），大通知县张于淳创建大雅书院，刚创建时，“上房五楹，讲堂三楹，斋房四十余间，前后三院”，咸丰二年（1866年），“知县哈甸丰，同邑绅孔廷俎、马廷伟等重茸之”，同治六年（1866年）拆损，同治十三年知县黄仁治重修，改名为崇山书院。乾隆五十一年（1786年），贵德县丞章熙永创建河阳书院，同治六年（1868年）被焚烧，同治十二年（1874年），知府龙锡庆筹建后没有完成，半途而废。光绪三年（1877年），西宁办事大臣豫师、西宁道张宗瀚、知府邓承伟、知县朱镜清等筹建五峰书院，以后逐年扩建修缮，延师授课。光绪三十二年（1906年），地方当局将五峰书院改为“西宁府中学堂”，民国三年，（1914年）并入甘肃第一中学，民国二十八年元月，正式定为“青海省立西宁中学”，地点在今西宁五中。

　　青海书院基本保持了书院自由讲学的传统，开启青海第一代学习新风，推动了儒家教育的纵深发展。其教育宗旨倾向于修德成材，凤山书院“兴学励农，修养生息”，“诚以时敦勉弟子，习诗书，亲诗友，励名节”。湟中书院“学所以为人之理而已，人之理以德行为先，以纲常为本，以忠孝节义为归，以礼让廉职为重，以修己治人为务，以经济事业为期”，“读书穷理，以明数者之趋；敦笃践履，以体数者为实”。书院的教育目的不是为了科举考试，而是为了培养品德高尚的人。作为传承和创新儒家文化的主要机构，书院将儒家的人文精神转化为书院精神，使以“道”为核心的人文精神成为书院文化内涵的最显著特征。

　　书院教育凝聚了青海封建社会后期的文化精神，是我省传统文化和历史文化中的宝贵遗产。到上世纪末，书院结束了它漫长的传习文化的历史，留下一抹晚霞，在跨入20世纪门槛之后，进入了历史的典籍和悠远的记忆。