如何确定合适的加盟费用，对总部来说是一个非常关键的问题，它直接影响到特许事业的顺利发展。因为投资者在费用方面通常相当敏感，费用定得太高，投资者不能获得预计的利润，自然不会对该项业务感兴趣，即使加盟进去，不久也会退出；若费用定得太低，总部收益受损，甚至无法弥补所提供服务的费用开支，将会得不偿失。无论如何，总部都应该尽早拿出一套合理的收费方案，确定加盟费用水平及收费方式，以便制定出合理的预算，弥补其管理费用，并取得足够的盈利。
　　特许经营与其他业务一样，都需要经过一定时期发展才能开始盈利，这一时期大约为3－ 5年，总部必须筹备足够的资金以维持盈利前的经营，所以，想在短期内通过加盟金解决总部资金上的困难是不现实的。一般情况下，前期加盟费用占加盟者全部投资的5％—10％，例如，如果开办一家特许加盟店的投资是50万－60万元，则前期的特许加盟费在2．5万—6万元之间，当然，对于那些声望较高利润也较高的特许总部来说，这笔费用可能高于5％— 10％。
　　后续加盟费用是加盟者开业后每隔一定时期都必须支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括总部对加盟店的管理服务费用和广告费用等，一般按收人的百分比提成，也有的确定一个固定费用。确定固定费用尽管能保持总部的收入水平不致下降，但若考虑到通货膨胀因素和将来的发展，这种方式还是有很大弊端，且加盟者都不愿接受，因为他们对将来的经营业绩没有把握，担心所获利润会小于加盟费用。而采用按收入的百分比提成，双方都更容易接受，加盟者很精确地知道他该付多少钱，如何去计算这个数额，且是在有收益的基础上支付，没有后顾之忧，另外总部的收益直接与加盟店的业绩挂钩，因而会不遗余力地给予全力支援；而总部也可以从加盟者的业务发展中获利，并避免了通货膨胀因素的影响。
　　分析后续加盟费用是否合理，主要的参考依据是加盟店的盈利能力，一家加盟店在一年内能赚取多少利润是最重要的影响因素。由于不同行业有不同风险，不同的总部也有不同的加盟风险，在此我们只能用一个最常见的风险程度来分析。在香港，目前加盟一家特许商店的投资总额大约为55 万~60万港元之间，在中国内地，开设一家加盟店的投资总额普遍在50万元左右，当然，这里面只包括了前期加盟费，还未包括后续加盟费。如何判断加盟费用是合理呢?如果以目前中国经济形势来看，零售业的投资回报率在30％左右是比较合理的，这样我们就可以计算出每年合理的投资回报金额，再计算所得利润。计算公式如下：
　　投资总额x 30％＝每年投资回报金额＝每年预期利润+加盟费
　　即：加盟费＝投资总额x30％—每年预期利润
　　根据上面公式，我们可以在不同的投资总额上，在预测不同利润水平上计算出合理的加盟费，同样，我们也可以在确定加盟费的基础上计算投资者期望得到的利润水平。