一项微生物研究表明，利用牛消化草，可以带来更好的方法，用于生产纤维素生物燃料。

　　以农林废弃物、木屑、草为原料制成的生物燃料有望更加经济，胜过以玉米、甘蔗和其他粮食作物为原料生产的生物燃料。

　　纤维素生物燃料生产，首先是将纤维素（cellulosic）和木质素（lignin）形成的坚硬植物材料分解为糖，然后，使糖发酵，得到燃料。但是，目前的生产过程需要大量的酶来降解纤维素，成本昂贵。“我们在谈的是卡车载重量，我们必须降低酶的成本二至五倍。”弗朗西斯•阿诺德（Frances Arnold）说，她是加州理工大学（Caltech）化学工程教授，没有参与这项奶牛研究。

　　比较而言，这些微生物存活于部分牛消化道，就是所谓的瘤胃（rumen）中，可有效地将纤维素分解成糖，这已经有几百万年了。研究人员希望，牛消化道微生物的2万8千个新基因序列数据库，有助于工程师们寻找新的酶，降低生产纤维素生物燃料的成本。

　　到目前为止，生产商降低纤维素酶（cellulolytic enzymes）的生产成本，主要途径是改变生产工艺。另一种方法是提高酶的效率，或者改变酶的使用条件，比如最高使用温度，这也可能有助于植物物质分解。“要想降低生产纤维素生物燃料的成本，我们就需要新的更高效的酶。”奶牛-微生物研究项目负责人艾迪•鲁宾（Eddy Rubin）说，他是美国能源部联合基因组研究所（Department of Energy Joint Genome Institute）主任。

　　所面临的难题是，地球上估计有99.9%的微生物不能在实验室进行培养，其中包括牛瘤胃中的微生物。所以，生物研究者们在寻找可产业化的天然微生物酶，他们所研究的材料库是非常有限的。有幸的是，新的基因测序技术正在改变这一切，科研人员要发现新的微生物酶，查找它们基因就行。微生物无需实验室培养，科研人员可以对整个生态系统中存在的所有遗传物质进行测序，然后，从数据中筛选出感兴趣的基因。这种类型的研究称为宏基因组学（metagenomics）。

　　2007年，鲁宾研究小组为了找到更优的纤维素酶，开始对白蚁（termites）进行研究。寄居在白蚁肠道中的微生物，使木质粗饲料发酵，分解成糖。鲁宾说，白蚁的麻烦是，“难以获得很多材料进行加工，”因为白蚁肠道很小。这项研究并没有得到很多全长基因（full-length genes），但需要这些基因来制造工作酶（working enzymes）。