王瑞嶔在1993年就提出主体教育这一理念，并得到国内外学界认可。1993年,他在论文大学生主体意识培养说：" 教育者与学生的这种社会联系，应该是人与人的联系，教育者起主导作用。是主体与主体的关系：而不是主体与客体，客体与主体，或客体与客体的关系。"1994年底，他在内蒙古高等教育年会上宣读该文后，会下，一位大学校长对他说："我非常佩服你学术探险的勇气，你这篇论文是绕着地雷走的。"的确，这在当时提出这一命题，实属空谷足音。

1995年，他在人的发展是大学教育目的一文，提出："大学教育要实行科学思维和艺术思维并重的培养方针。"(1)大学教育实行五年制教学。(2)大学一、二、三年级，学生不分专业，一律在基础部学习．主修哲学社会科学、自然科学、艺术、医学基础课。在这三年中，要求学生必须完成一定学分的必修课，使他们的科学思维能力和艺术思维能力都得到熏染和培养，也使他们的兴趣、爱好、特长得到系统的培养。(3)大学三年级结束时，各专业所在院、系、所，重新举办招生考试；学生可根据自己的志向，报考有关专业。在四、五年级进行专业课系统学习。"进一步丰富了他的主体教育理论。

1995年十二月，提出：基督教文化看重个体，忽视群体。中国文化看重群体，个体从属于群体，而不是独立于群体。基督教文化以超现实存在，进行价值判断。中国文化则以现实存在，进行价值判断。基督教文化具有排异性。中国文化具有兼容性。基督教文化是罪感文化。中国文化是智感文化。羊"和"弓"的困惑---——基督教文化与中国文化差异窥见基督教文化评论

1996年他对主体教育作了进一步阐述：在道德教育一文他说"人的主体性存在使道德实践成为可能"，"主体意识则是自我意识的上升，是人通过存在过程对自身生存意义的反证。只有人具有主体意识，才使人的主体性存在成为现实。" ，"人的主体性存在是永远的现在进行时。如果人不能在实践性活动中把握自己，即会丧失其主体性，构成对道德的反对。"，在如何在传统教学方式与高技术传递通路之间找到平衡一文，他探讨了网络教育对主体教育的影响及对策。他说："对高技术传递通路的依赖，容易使青少年学生放弃自己以往对问题的独立思考，而转向机器去寻找问题的答案。抛弃自己以往身体力行的对象化活动，而转为对机器情有独钟。人的个性化减弱，人与人之间的交往和依赖关系也为机器所介入。他们容易把人与世界的直接关系，看作是人与机器的关系。其机械性形式逻辑思维增强，而辩证逻辑思维却得不到培养。他们的同情心和情感意识减弱，不仅容易把整个世界看作是客体，而且容易把包括人在内的一切有生命的事物都认成是无生命的事物；以致于缺少对生命的热爱，对动植物生长过程和他周围事物的发展变化没有细腻的感触。甚而，由于他们缺乏生活实践而容易异化为机器的一部分。" ，有关主体教育："(1)以"人的自然化"为教学方针，就是要使人的个性顺其自然得到自由全面地发展。可现实情况是，只有人成为主体性存在，他的个性才有可能得到自由全面的发展。"，"(2)以"人的自然化"为教学方针，还要对学生进行艺术教育。学生不仅要学习文学、艺术、美学等理论课程；而且每个学生从小学、中学到大学的每一个学习阶段都应至少掌握一至两门艺术技能，如音乐创作、器乐演奏、书法、绘画、雕塑、舞蹈、文艺写作等。艺术的源起，是人基于对生命的热爱，借托自然的形式表达社会的内容；通过艺术表达，把无生命的事物赋予生命，把无思想情感的事物注入人的思想情感。托物以言志，借景以抒情，人们通过艺术的表达，以全部感官证明自己的社会存在；特别是21世纪的艺术，某种程度上也是对人化自然过度充斥个人空间的反对。艺术欣赏和创作活动，丰富了人的精神世界；使人热爱自然，热爱人生，在内心深处与大自然相沟通；从而能以审美的观念和行为，以人的样子构建人与人的关系；养成乐观、开朗、豁达的性格，对生活充满信心和情趣。失意时，以艺术表达渲泄自己的愁苦哀怒，悲而不伤；得意时，则抒发壮志豪情，乐而有度。这样，人的心态得到调整，情感得以升华，心灵也随之净化。而若没有了艺术，人就会成为单面人，成为工具性的人；只会单纯地工作学习，而不会享受生活的乐趣，更不会做人。"