仅仅两年前，科学家们公布了第一个癌症基因组序列，详细介绍了可能使肿瘤细胞生长失去控制的基因突变的位置。现在，一群科学家和医生们开始使用这种“全基因组分析”数据为病人选择最好的药物。上周末，在纽约州冷泉港举办的个体基因组研讨会上，三名研究人员提交了案例，着重描述了这种方法如何在罕见性肿瘤和其他不寻常案例中起作用。

　　理查德·威尔逊（Richard Wilson）是华盛顿大学医学院的遗传学家，领导其中一个项目。他说：“是时候将完整基因组测序作为一种诊断工具来了解非典型癌症案例了。”

　　科学家们早已知道，当健康细胞经过一系列的基因突变、并任其失去控制地生长时，癌症就产生了。先前的研究已经明确了基因变异增加个体发展出某种癌症的风险，也明确了癌细胞本身的某些特定突变会使这些细胞对某些药物敏感。

　　随着廉价测序的出现，研究人员们现在能够在前所未有的深度探索肿瘤。他们可以比较病人的健康细胞和癌细胞的DNA上几乎所有的30亿个字母并寻找差异。使用这种方法，研究人员们在过去一年中已经为数百个癌症基因组测序。

　　在首批将此技术应用到临床实践的案例中，有这样一个案例：温哥华不列颠哥伦比亚癌症研究中心（BC Cancer Center in Vancouver）的科学家们对一位患有非常罕见肿瘤——舌腺癌的病人的癌细胞基因组做了两次测序。首次DNA测序是在癌细胞已经扩散后，接着在癌细胞产生抗药性之后再次测序。

　　由于这种癌症是如此罕见，目前肿瘤学家们还没有标准的治疗疗程可供选择。因此，史蒂芬·琼斯（Steven Jones）和合作者们使用了他们已经确定的遗传变异，凭借他们对与癌症有关的分子路径的了解，创建了一个可能是推动那位病人癌变的模型。他们将目标缩小到与癌细胞生长相关的特定分子路径上的一个缺陷。然后，病人的医生为他选择了治疗药物，药物能够抑制该路径，病人的肿瘤在8个月中停止了增长。“一种罕见的肿瘤是永远不会得到临床试验的，”琼斯说。“对于没有选择的疾病，任何层次的信息都是有意义的。”

　　不幸的是，像经常发生在分子靶向药物的情况一样，癌症最终会对于治疗产生抗药性，并开始恢复增长。因此，研究人员对新的肿瘤组织进行了测序，以确定是什么样的基因改变给了癌症新的动力。他们发现，在前面分析中相关的路径变得更加活跃，并且，与癌症有关的第二个途径也发生了改变。这项研究发表在上个月的《基因组生物学》（Genome Biology）杂志上。

　　第二组研究结果对于帮助病人来得太迟了。但琼斯却在设想，下一个类似的案例出现时，该如何向前推进。在一项获得临床癌症研究领域青睐的技术中，科学家们将从病人活检得到的肿瘤细胞植入到一个小鼠体内，小鼠随后生长出一种类似病人的肿瘤。琼斯的研究小组便可以推测，哪些药物会对从基因组分析创建的模型最有效，并在小鼠身上测试这些药物，然后再进行病人测试。

　　第二个案例中，威尔逊和华盛顿大学的合作者们对一位39岁的、患有罕见急性髓系白血病（AML）的女病人的癌症基因组进行了测序，那是一种起源于骨髓并从造血干细胞生长的疾病。威尔逊的研究小组已经测序了大约50例AML癌症，大多是纯粹为了研究，而这是试图利用研究结果来帮助病人的第一个实例。

　　目前，医生们试图通过寻找病人染色体上某些特定异常，来预测不同亚型的AML患者的情况。一种常见的异常——两种不同蛋白质融合——意味着病人很可能对一种被称为“全反式维甲酸”（ATRA）的药物有反应，这种药物取代了融合体中一个变异蛋白质的作用。“全反式维甲酸基本上是针对这种融合病人的治疗方法，”这项研究的另一位资深科学家伊莱恩·马迪斯（Elaine Mardis）说。

　　标准的测试结果显示，病人没有典型的融合，但基因分析显示，她有了一个从未见过版本的融合，该结果不能被其他测试检测出来。她接受了药物，已经得到了数月的缓解。“我根本不是要炒作它，但这种治疗挽救了病人的生命，”威尔逊说。马迪斯补充到，“这可能是一个分水岭事件，使癌症患者开始要求这样做。”

　　现在，研究人员们正在针对其他带有不寻常白血病的病人，研发一种简单的试验，以检测这种更不寻常形式的融合，而无需完整基因组测序。“如果他们真的发现了一个新标志，就有可能马上进行临床试验，”琼斯说。“这是这个领域里一个令人难以置信的向前迈进的例子。”

　　用完整基因组测序来帮助癌症病人的机会仍然十分罕见。它受限于拥有大型测序设备的医疗中心、承担这样一个项目的资金、以及评估并批准这类实验方法的伦理审查程序。但测序本身的费用——每个人类基因组约一万到两万美金——正在迅速成为一个不重要的障碍。现在，它与其他医疗检查和癌症治疗不相上下，核磁共振成像扫描（MRI）的费用约为6000美金，癌症患者通常需要做几次（MRI）。然而，琼斯和威尔逊都指出，解读基因组并依靠它来作出决定的过程仍然是非常劳力密集的，需要一个大型团队，拥有医学、肿瘤学、基因组学和信息技术多领域的专家。

　　一些科学家们担心，研究还很初级，不能应用到病人身上，并且，它的成功将难以评估。在对利用全基因组数据指导治疗决策这一概念进行笼统评论时，马萨诸塞州剑桥Broad研究所的遗传学家大卫·阿特舒勒（David Altshuler）指出，仅仅因为基因分析确定了某个特定突变，凭借此个案总结一个特定治疗是否有效是不可能的。它可能因一些其他原因而起作用。进行这项研究的科学家们则认为，这些病人没有其他的选择，遗传信息仅仅是可能帮助医生选择最好疗程的一些数据。