农村民间组织还面临着资金和人才方面的困境。农村民间组织作为第三部门组织，具有非营利性的特点，其资金主要来源于其成员会费及社会上的捐助。农村民间组织由于其活动范围还仅限于一村或几个村庄范围之内，其成员较少，且多为贫苦的农民，依靠其成员的捐助，显然资金十分有限。而民间组织的合法化困境，和影响范围的狭小，难以得到其成员之外社会上其他人或组织的信任，能够得到的社会捐助也是十分有限。民间组织自身资金的捉襟见肘，也限制了其为农村提供公共产品和公共服务的能力，从而可能会导致其信任度的降低，进一步限制了其发展。除资金外，农村民间组织的发展状况在一定程度上还取决于其带头人或领导人物的能力。在市场经济体制下，农村精英一部分被体制化，纳入到基层政权系统，一部分非体制精英则多数进城打工，村中多留下些“386199”部队（即妇女、儿童和老人），农村民间组织难以吸收到大量的人才，也限制了其发展。