我国工业废水排放管理仍主要釆用ＣＯＤ、ＢＯＤ５和氨氮等理化指标。２０１０年，我国颁布实施了制药工业污染物排放标准体系，包括发酵类、化学合成类提取类中药类、生物工程类和混装制剂类，规定ｐＨ、色度、ＳＳ含量、Ｂ０Ｄ５、ＣＯＤ等理化指标排放限制。但是，现有的处理技术难以将制药废水中含有的不同种类有毒有害化合物去除完全。这些污染物质排放到水体后，不能在自然生态环境中完全生物降解，导致受纳水体受到有毒有害物质的长期污染。此外，许多未识别的化学物质、检测浓度低的化合物与未降解污染物在环境中相互发生化学反应，产生的二次污染物质加剧对水生物的毒害作用。目前，已有许多研究表明制药行业废水对不同生物能够产生毒性作用。利用发光细菌测试废水的毒性，发现印第安中央制药废水处理厂排放废水的半数有效浓度（ＥＣ５Ｄ）为３％在中草药废水对大型蚤急性毒性试验中发现，废水中含有的大量原料药可以导致大型圣发生眼睛变黑、运动受限、触角卷曲及边际效应等毒理学反应。证明中国制药废水处理厂的制药废水能够引起雄性小鼠的生殖毒性。