一旦膜孔堵塞及凝胶层形成后，运行过程中的水力作用很难将其去除，必须进行膜清洗。常用的清洗方法有机械清洗、化学清洗、电清洗以及超声波清洗等。电清洗和超声波清洗效果最好，但运行费用太高。机械清洗效果不理想，一些与膜结合紧密的物质去除不掉。相比之下，化学清洗最为经济有效。化学清洗是用化学试剂与膜内沉积物、污垢、腐蚀产物及影响通量速率和产水水质的其他污染物反应并将其去除，恢复膜通透性能方法。一般最常用的清洗剂有硝酸、柠檬酸、盐酸，氢氧化钠、氢氧化钾、次氯酸钠等。通常根据污染的程度，将膜组件浸在化学溶液中2～4小时，通过溶解、络合等化学作用清除膜表面和膜孔内附着
的污染物。在实际的膜清洗操作中，针对不同材质和型式的膜组件，不同的分离对象，应当选择不同的清洗剂和清洗程序，特别是在选择清洗剂时，还必须考虑整个管路系统等各部件的耐受能力。