进水水质是影响膜污染的重要因素之一。 此处进水水质主要指 pH、碳氮比、腐殖酸和 Ca2+浓度。 S．Sanguanpak 等的研究结果表明，pH 为 5．5 时膜污染最严重，pH 为 8．5 次之，pH 为 6．5、7．5 时膜污染没有前两者严重。 混合液中的 pH 会影响 SMP 和EPS 的组成，而这两者是膜污染的主要贡献者。蛋白质是 SMP 和 EPS 的主要组成成分，其中小分子蛋白质主要使孔径大的膜产生膜污染。 混合液 pH 为 5．5时 EPS 含量较高，蛋白质含量较高，在此条件下污泥絮体结构松散，膜污染加重。当 MBR 中进入废水的碳氮比较低时， 可使膜污染更严重。 这是由于碳氮比增加会导致溶解性微生物产物腐殖酸和碳水化合物、 蛋白质及松散的胞外聚合物（LB-EPS）产量增加。 此时 SMP 和 LB-EPS能吸附更多杂质，有助于减轻膜污染〔30〕。胶体物质接触膜表面时易产生膜污染。 Ca2+增加会导致胶体粒径变大，从而加剧膜污染。而水中含有的腐殖酸和 Ca2+之间的相互作用越强， 膜污染率越低。 pH 较高时，腐殖酸和 Ca2+相互作用越强，膜污染越低。
水的 pH 接近中性时膜的污染程度相对偏酸、偏碱性要轻；腐殖酸和 Ca2+之间相互作用越强、废水的碳氮比越高越好， 因此可根据膜的特性处理不同水质的水，以达到所要的结果。