然而，从目前乡镇驻村制的运作情况看，原本“反科层化”运作的驻村制已经越来越具有科层化运作的特点，成为乡镇保证各类工作任务在村庄得到贯彻和执行的行政方式，发挥着确保乡镇对村级组织的领导和控制的功能。质言之，驻村制已经从一种“走群众路线”的“治理”方式演变成为一种与科层化运作具有高度“亲和”关系的行政方式。具体而言，驻村制从基层政权与农民群众之间的纽带演变成乡镇政权与村干部之间的桥梁，发挥着“上令下行”的作用。乡镇将所有工作任务通过驻村干部下达至村庄，并由驻村干部督导村干部完成，其运作图景如下：乡镇领导---驻村领导---非领导职务的驻村干部---村干部。
乡镇通过驻村制形成一种隐性的等级化、层级化的科层制运作结构。之所以说是“隐性的”，是因为驻村制不是一级组织机构，却发挥着类似于1990年代“管理区”这一“准管理组织”的功能。1990年代的“管理区”是乡镇政府在村委会之上所设置的行政性派出机构，直接领导村级组织，是一种行政强化的体制。在1998年的乡镇机构改革以及1999年村民自治制度的实施的背景下，全国大部分乡镇的“管理区”被撤消，驻村制逐步成为管理区的一种替代性制度，发挥乡镇对村级组织的行政性领导功能。