日本侵华期间对中国人民犯下了非常严重的罪行，但由于日本文化中是非观的模糊不清，由于日本右派（极右派更其如此）以亚洲的解放者---即把亚洲从欧美殖民主义、帝国主义统治的枷锁下解放出来---自居，也由于日本是世界唯一的一个遭受过原子弹轰炸的国家，更由于美国战后占领日本期间为冷战目的牵制苏联，蓄意不深究日本的战争责任，二战结束之后，日本人对自己的战争罪行采取了一种十分暧昧的态度，一直未能进行像德国那样的深刻反省（在1972年中日邦交正常化的联合声明中，日本方面关于战争责任的表述相对说来是含糊的：“日本方面痛感日本国过去由于战争给中国人民造成的重大损害的责任，表示深刻的反省”。1972年至2000年，日本首相换了近二十人，但只有三四位公开承认过“侵略”或“侵略行为”）。不仅如此，近十多年日本屡屡出现篡改历史教科书以掩饰日本侵略罪行的风波，右派当政时甚至屡屡发生日本首相参拜靖国神社的事件（近年来，小泉纯一朗首相的参拜据他个人的说法是出于个人信仰，实际上明显带有政治做秀之特征）。中日龃龉的另一个结构性原因是日美防卫条约。从最近美日两国将其准军事同盟关系的涵盖范围扩大到台海地区来看，中国收复台湾、完成国家统一大业的核心利益受到了严重的威胁。此外，中日之间在钓鱼岛和东海油气田开发等问题上也存在着棘手的主权争议。